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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccgtagcattccaggttccagcacaaacttactttcctcattgataagtacctggtgtcgtaatttgatgttaaactcttgttgaactaaaaaaattgtgtgttattaatatccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374881_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgtt--ccgtagcattccaggttccagcacaaacttactttcctcattgataagtac-----ctgg---tgtcgtaatttgatgttaaactcttgttgaactaaaaaaattgtgtgtt-attaatatccag
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AATTCAGCTTGGGCAACCAGCTACTGTGAAAGTTGCAGCCAACTTAATTAGGTTGTTGGCTTATCAGAACAAGgtatattttctgtagcattctacgataca--agaatttcactaatacatgagatgaattctttctctgattctttcatacattgattttaagctattgtctaattgccatattggttttttcaccaattttcag

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgtt--ccgtagcattccaggttccagcacaaacttactttcctcattgataagtacctggtgtcgtaatttgatgtt--aaactcttgttgaactaaaaaaattgtgtgttattaatatccag-------------------------------------------------------------
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AATTCAGCTTGGGCAGCCAGCTACCGTGAAAGTTGCAGCCAACTTAATTAGGTTGTTGGCTTATCAGAACAAGgtatattttctatagcattctgcgatccaataactccatgactacatga--gatgaaattctttctctgatacacgattttttaagttattgttttattgtcgcaatggtttctc--tgatacacgattttaagttgttgttttattgtcgcaatggttttttttttaccattttttttatttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29544030|gb|CB604410.1|CB604410
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|29544379|gb|CB604759.1|CB604759
EST:     ATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: ATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|71320622|gb|DR797046.1|DR797046
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|78543575|gb|DV621073.1|DV621073
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|50338298|gb|CO533424.1|CO533424
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|7135787|gb|AW498266.1|AW498266
EST:     TTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: TTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|18180510|gb|BM381720.1|BM381720
EST:     AGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGAAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: AGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|7216231|gb|AW562353.1|AW562353
EST:     TGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: TGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|78109399|gb|DV527815.1|DV527815
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|37380555|gb|CF627096.1|CF627096
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|88749443|gb|DY533584.1|DY533584
EST:     GCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: GCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|91049302|gb|EB159720.1|EB159720
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|211272372|gb|FK988496.1|FK988496
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|76915113|gb|DV165828.1|DV165828
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGAATTGT-GGAGGATGG
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGA-TTGTTGGAGGATGG
EST: gi|91872633|gb|EB402590.1|EB402590
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|78109398|gb|DV527814.1|DV527814
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|211272369|gb|FK988493.1|FK988493
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|37378375|gb|CF625874.1|CF625874
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTCGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|37387307|gb|CF630846.1|CF630846
EST:     TGTAAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGG-TGNCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: TGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTG-CTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|211274174|gb|FK988504.1|FK988504
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGGGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
EST: gi|148967409|gb|EE018635.2|EE018635
EST:     CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA
genomic: CTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 219

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 213

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 190

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 229

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccg ... taatatccagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACTGTTAAAGTTGCAGCTAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAATAAGgtatgttccgtagcattccaggttccagcacaaacttactttcctcattgataagtacctggtgtcgtaatttgatgttaaactcttgttgaactaaaaaaattgtgtgttattaatatccag

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