Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTATGTCGCAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGTgtaagctggcctttagcttctggtcttactggaattcttatgatggacaaatatgtggcatggatcatgtagttagacttttaccattacagtgatacac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374088_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374088_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g04230.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATTATGTCGCAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGTgtaagctggcctttagcttctggtcttactggaattcttatgatggacaaatatgtggcatggatcatgtagttagacttttacca-ttacag-tgatacac--
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| | ||    | |          | |||| |   |||  ||| |   |   ||   | || || ||     || |  | || ||  |  | ||   
GATTATGTGGCAACAAGGTGGTACCGAGCTCCTGAATTATGTGGTTCTTTTTTCTCCAAAgtaagctggtcatt---ctgtaacacattgtgcattcctgaaatgtgcaagtccttcagatttgt-atataattttttcttaaaaagttgcaaattctccaaat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148931406|gb|EC874345.2|EC874345
EST:     CAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGT                         TACACCCCTGCAATTGATATTTGGAGTATAGGGTGCATTTTTGCTGAAGTT
genomic: CAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGTgtaagctggc ... gtatgtacagTACACCCCTGCAATTGATATTTGGAGTATAGGGTGCATTTTTGCTGAAGTT
EST: gi|60350752|gb|DN217725.1|DN217725
EST:     CAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGT                         TACACCCCTGCAATTGATATTTGGAGTATAGGGTGCATTTTTGCTGAAGTT
genomic: CAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGTgtaagctggc ... gtatgtacagTACACCCCTGCAATTGATATTTGGAGTATAGGGTGCATTTTTGCTGAAGTT
EST: gi|67024238|gb|CO452987.1|CO452987
EST:     CAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTG-ATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGT                         TACACCCCTGCAATTGATATTTGGAGTATAGGGTGCATTTTTGCTGAAGTT
genomic: CAACAAGGTGGTACCGGGCTCCTGAATTATGTGGCTCCTTTTTCTCCAGTgtaagctggc ... gtatgtacagTACACCCCTGCAATTGATATTTGGAGTATAGGGTGCATTTTTGCTGAAGTT