Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGTCAAAGGCGTCAAGTGGCAGCAGCCAACCCCCAACAACCTGATGATGTGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataactattcttcccgatcatttttttatgaatgtttacaaaacaaacagtgctcatgctgaagttgtggatcacattatggtgttcttccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G372398_T03
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32916979|gb|CF021791.1|CF021791
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
EST: gi|76291540|gb|DV031108.1|DV031108
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
EST: gi|211345453|gb|FL473816.1|FL473816
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
EST: gi|32929212|gb|CF034024.1|CF034024
EST:     TGAAAATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAACCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGT
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGT
EST: gi|32910513|gb|CF015325.1|CF015325
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
EST: gi|211368358|gb|FL031161.1|FL031161
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAKCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTWGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
EST: gi|211265965|gb|FL477742.1|FL477742
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
EST: gi|211368357|gb|FL031160.1|FL031160
EST:     TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAG                         GGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA
genomic: TGGTCATGTAAATGTCTGTTTTCATGACATGTGCAGCCCTGTTGCTTGAGgtacatataa ... gttcttccagGGAATTGGAGATGTAAAACGGTAGCTCCTTCACATGACTCATGTACACTAA