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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggttctaaccttttgccagttattttttgagcgtattctagaatgtctaaaatttgattatgaagtatggagaaccttctttgatctttttgtt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G324540_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G324540_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g32880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggttctaaccttttgccagttattttttgagcgtattctagaatgtctaaaatttgattatgaagtatggagaacc-ttctttgatctttttgtt-------
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GTTGTGAAGCCCAGACAATTGCAGGCTGCAAGCATTCCCGGACTCCTGGGGATGTTCCAAAATgtaagtggttccactaacttcatagttatct-------gtgttatagacagtg-aagatctgattctttttctttgataatagttctcacattgttttgtttattaaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211270237|gb|FL344649.1|FL344649
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGNGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211156212|gb|FL365662.1|FL365662
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211089285|gb|FL354017.1|FL354017
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCANAAC                         GAGGGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211206059|gb|FL353696.1|FL353696
EST:     GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCC-AGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211228973|gb|FL343790.1|FL343790
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211232319|gb|FK959916.1|FK959916
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTTGCTTTGGAGCAG
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTT-GCTTTGGAGCAG
EST: gi|211040670|gb|FL334591.1|FL334591
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211158673|gb|FL319015.1|FL319015
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211165501|gb|FL341377.1|FL341377
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211227097|gb|FL350438.1|FL350438
EST:     GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCC-TTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211108070|gb|FL361613.1|FL361613
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211399607|gb|FL346420.1|FL346420
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211444525|gb|FL325223.1|FL325223
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211050070|gb|FL348912.1|FL348912
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|9254345|gb|BE344813.1|BE344813
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211367120|gb|FL319134.1|FL319134
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211096168|gb|FL332998.1|FL332998
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211320067|gb|FL327288.1|FL327288
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCA
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCA
EST: gi|211262919|gb|FL344603.1|FL344603
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211012592|gb|FL327139.1|FL327139
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCYTTCTAATTTTGCYTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211180977|gb|FL324623.1|FL324623
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGC
EST: gi|211162340|gb|FL348127.1|FL348127
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCTTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGGCTT-CTAATTTTGCTTTGAAGCAGCAGCTTCA
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATG-CTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCA
EST: gi|211320874|gb|FL365294.1|FL365294
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGAYTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCAT
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCAT
EST: gi|211411809|gb|FL328773.1|FL328773
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211170529|gb|FL341423.1|FL341423
EST:     GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGAACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGA-CTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211306361|gb|FL348172.1|FL348172
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211314342|gb|FL341215.1|FL341215
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|148945896|gb|EC891188.2|EC891188
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|67020062|gb|CO448811.1|CO448811
EST:     GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
EST: gi|211108071|gb|FL361614.1|FL361614
EST:     GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGNACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC                         GAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC
genomic: GCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGG-ACTCCTTGGGATTTTTCAGAACgtaaggggtt ... aatttcgcagGAGTGGGATGCTCTCATGCTTTCTAATTTTGCTTTGGAGCAGCAGCTTCAC