1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGCTCCTGCGTTTGAGGCAGATCTTCAATGGTGTCTTTCTCAAGGTTAACAAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgtataaatttagctgccgtgagtgcatttttggagtgttgggatgcattttaacacaacactgctgtggctgccgcttcatcagttttgaga...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G178807_T03 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACMAAAGAGGTTATGGEST: gi|211320069|gb|FL327290.1|FL327290
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGARGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTEST: gi|21809687|gb|BQ668005.1|BQ668005
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGT
EST: AGGCCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGCTTAGGGCAATTGATCTACAAAAGAGGTTATEST: gi|211375660|gb|FL343002.1|FL343002
genomic: AGGC-AACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTG-TTAGGG-AATTGATCTACAAAAGAGGTTAT
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGEST: gi|50328295|gb|CO523421.1|CO523421
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGEST: gi|211438494|gb|FL357614.1|FL357614
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: AGGCAACTATCTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTANGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTTATEST: gi|211231342|gb|FL356545.1|FL356545
genomic: AGGCAACTAT-TAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTA-GGGAATTGATCTACAAAAGAGGTT-AT
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGTEST: gi|211103246|gb|FL316732.1|FL316732
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGEST: gi|60359483|gb|DN226456.1|DN226456
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
EST: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGG ATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
genomic: AAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgt ... atctctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCTCCTGCGTTTGAGGCAGATCTTCAATGGTGTCTTTCTCAAGGTTAACAAGGCAACTATTAACATGCTACGGAGGGTGGAGCCATATGTTGCGTATGGgtaagtttgtataaatttagctgccgtgagtgcatttttggagtgttgggatgcattttaacacaacactgctgtggctgccgcttcatcagttttgaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG