1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TGAGCTTGAGAGGCTTACCCGAGTTTTTACTCAGAAAATCCATGACTTGATTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcctttatgtatcatttcatgaaggactttcatgagaattagttatcaataaatatatgtttattctaatatggcctattttgtttgctttatggatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G178415_T05 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|71426412|gb|DR807462.1|DR807462
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|148966781|gb|EE017869.2|EE017869
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|148934217|gb|EC878238.2|EC878238
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|78089717|gb|DV518091.1|DV518091
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|60354014|gb|DN220987.1|DN220987
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|87152935|gb|DY397724.1|DY397724
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|149080931|gb|EE170020.2|EE170020
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|91867926|gb|EB399854.1|EB399854
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|78092010|gb|DV520384.1|DV520384
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|22935999|gb|BU572274.1|BU572274
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|149101283|gb|EE187396.2|EE187396
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|148981458|gb|EE027657.2|EE027657
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|71323470|gb|DR798386.1|DR798386
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|149096793|gb|EE182577.2|EE182577
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|20299950|gb|BQ162893.1|BQ162893
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|211300259|gb|FL012334.1|FL012334
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|13125987|gb|BG316662.1|BG316662
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|78077526|gb|DV505960.1|DV505960
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|22491555|gb|BU051478.1|BU051478
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|93012302|gb|EB637822.1|EB637822
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|87156586|gb|DY401375.1|DY401375
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|71328974|gb|DR801177.1|DR801177
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|149110227|gb|EE190296.2|EE190296
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAATTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|19351039|gb|BM895571.1|BM895571
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGNTACTCACCNEST: gi|50330056|gb|CO525182.1|CO525182
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACC-
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|148994453|gb|EE034100.2|EE034100
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|26559718|gb|CA831953.1|CA831953
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCTEST: gi|60357158|gb|DN224131.1|DN224131
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
EST: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAG ACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
genomic: TTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcc ... atggatgcagACAATGGCATGGATACTTGACGAATACTCAAAGTTCCATGGTTACTCACCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAGCTTGAGAGGCTTACCCGAGTTTTTACTCAGAAAATCCATGACTTGATTGGCATCCATACTGACGTTCCAGCTCCAGATATGGGCACCAACTCACAGgttattttcctttatgtatcatttcatgaaggactttcatgagaattagttatcaataaatatatgtttattctaatatggcctattttgtttgctttatggatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC