Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttctgcttcccttcccttgcacaccattctatgccatatcatggttgcctgaactgttaatccatttttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174644_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174644_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g16690.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttctgcttcccttcccttgcacaccattctatgccatatcatggttgcctgaactgttaatcca-tttttcag
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||||  ||||| ||||||||||   |    |||||||||    | || |  |   ||||| | ||||  ||| || ||||   |  |||||||
TTGATGGAATACTGTGAACTTTTAGACAAAGCAGATGAATGCGAAGACCCGTACATGCGTATGGCATATGCCTgtaagttttgcac----cttcccttgtgagcaatgcctt-taatatccttgttgtttgatcttttaacttaacttttcag

upper sequence: GRMZM2G174644_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0004g04930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttctgcttcccttccc-ttgcacaccattc-tatgccatatcatggttgcctgaactgttaatccatt--tttcag
|| ||||||||||   |  ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |  |||| ||||||||| ||| |  |  | |  |     || ||   ||| | | |   || |  |   ||   ||||| | |    | |  || |||
TTAATGGAATACTCCCACCTGTTAGATAAAGCAGATGAATGCGAGGATCCTTACATGCGATTGGTGTATGCTTgtgagtatattcttgcattaaatatttcagggcatacatgtattatctggttaatggtggaactttaatgttactaattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22491096|gb|BU051019.1|BU051019
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGGTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|19351392|gb|BM895924.1|BM895924
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|13150716|gb|BG321038.1|BG321038
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTG
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTG
EST: gi|74244334|gb|DT652248.1|DT652248
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|211271998|gb|FK970181.1|FK970181
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTG
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTG
EST: gi|50328677|gb|CO523803.1|CO523803
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|148954837|gb|EC900310.2|EC900310
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGGTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCTTATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|149078287|gb|EE167049.2|EE167049
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|211454955|gb|FL196639.1|FL196639
EST:     TGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: TGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|71326510|gb|DR799932.1|DR799932
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGTAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|94475418|gb|EB704376.1|EB704376
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|148995971|gb|EE035219.2|EE035219
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|20507134|gb|BQ279500.1|BQ279500
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|28909493|gb|CB331845.1|CB331845
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACCTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|76011657|gb|DT938827.1|DT938827
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|148940242|gb|EC885014.2|EC885014
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|78116426|gb|DV534813.1|DV534813
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|71326507|gb|DR799931.1|DR799931
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGTAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|149084040|gb|EE173435.2|EE173435
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 168

TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 505

TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 466

TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 243

TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttc ... catttttcagCTACATGGGCTGTTTCTGTGTACTTTGCATATCAACGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTATGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTTgtaagttttctgcttcccttcccttgcacaccattctatgccatatcatggttgcctgaactgttaatccatttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT