Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGGCCCTGTAAAAAAGGAACCAGAGATGCAAGCTCCACTAAACTCATCAGCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgctacttattggttccatatatgattcctagctatatgttgattgttttgttaatgtttgccgttttcatcgtttcaagtcaatgtcttcttca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G163888_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211347071|gb|FL098118.1|FL098118
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347079|gb|FL098126.1|FL098126
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347080|gb|FL098127.1|FL098127
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347077|gb|FL098124.1|FL098124
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347070|gb|FL098117.1|FL098117
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211344681|gb|FL098115.1|FL098115
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGTTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347072|gb|FL098119.1|FL098119
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347078|gb|FL098125.1|FL098125
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
EST: gi|211347069|gb|FL098116.1|FL098116
EST:     GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTAT                         CAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA
genomic: GCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 147

AAGGCCCTGTAAAAAAGGAACCAGAGATGCAAGCTCCACTAAACTCATCAGCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAAAGTGCAGCATGGTTGGGGTGGTATTCCAGGTCGCCCTTCCATGGCTGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 175

AAGGCCCTGTAAAAAAGGAACCAGAGATGCAAGCTCCACTAAACTCATCAGCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAAAGTGCAGCATGGTTGGGGTGGTATTCCAGGTCGCCCTTCCATGGCTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 125

AAGGCCCTGTAAAAAAGGAACCAGAGATGCAAGCTCCACTAAACTCATCAGCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAAAGTGCAGCATGGTTGGGGTGGTATTCCAGGTCGCCCTTCCATGGCTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 199

AAGGCCCTGTAAAAAAGGAACCAGAGATGCAAGCTCCACTAAACTCATCAGCCTTGGATGTCAAGACAAGTGACACTACAGAAATATTTTCTGCTACTATgtatgtgcta ... atttttgcagCAATGTTGCCCAGACTGATGCTAAGAACACCACTTCTCAGCCTTTATCTAAAGTGCAGCATGGTTGGGGTGGTATTCCAGGTCGCCCTTCCATGGCTGAA