Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATGATGGGTTCTGGAAAAAGTACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtctttttgtgaaagtaaactagcaatttgtcgaaggtttctatggatgctgtgatgcacaggtactgatgatgggctctgttgctctaaactatgttttacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G161566_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G161566_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAATGATGGGTTCTGGAAAAAGTACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtctttttgtgaaagtaaactagcaatttgtcgaaggtttctatggatgctgtgatgcacaggtactgatgatgggctctgttgctctaaactatgttttacag
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||                || ||||| | | |   ||| ||    |  || ||| ||  |  | ||    |  | | |   |||  |  ||  ||| |||
GAATGATGGGTTCTGGAAAAAGTACTGTGGGAAAGATCATGTCTGAAGTTTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtttgtattttt----------------gctatttgccaaggagatct-tgc---ccttggtgctca--tggtaatctaagcttttatatttctgga--attgtttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71320315|gb|DR796905.1|DR796905
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCGGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211098206|gb|FL312089.1|FL312089
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAG
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAG
EST: gi|148935612|gb|EC879655.2|EC879655
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|74244986|gb|DT652900.1|DT652900
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|24934599|gb|CA452817.1|CA452817
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211307748|gb|FL198215.1|FL198215
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|32928190|gb|CF033002.1|CF033002
EST:     CTGTGGGG-AGATCCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: CTGTGGGGAAGAT-CATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|30087806|gb|CB886012.1|CB886012
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|148962769|gb|EE013680.2|EE013680
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|56461974|gb|CK986272.1|CK986272
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211494300|gb|FL310097.1|FL310097
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAAT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAAT
EST: gi|37398941|gb|CF636791.1|CF636791
EST:     AGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: AGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211213913|gb|FL360058.1|FL360058
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAG
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAG
EST: gi|211537841|gb|FL338654.1|FL338654
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGC
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGC
EST: gi|211274785|gb|FL366576.1|FL366576
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTTGGAATTCCTTC
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTT-GGAATGCCTTC
EST: gi|60342476|gb|DN209449.1|DN209449
EST:     TCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: TCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|101387955|gb|EB815991.1|EB815991
EST:     ACTGTGGGGGAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|31664615|gb|CD573548.1|CD573548
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|78078108|gb|DV506523.1|DV506523
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211151343|gb|FL367847.1|FL367847
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCC
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCC
EST: gi|71447774|gb|DR828824.1|DR828824
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211265503|gb|FL351831.1|FL351831
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|91048521|gb|EB158939.1|EB158939
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|78116794|gb|DV535181.1|DV535181
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211168848|gb|FL341411.1|FL341411
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211491457|gb|FL310570.1|FL310570
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|88757481|gb|DY541622.1|DY541622
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211104289|gb|FL362968.1|FL362968
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTATTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|60355769|gb|DN222742.1|DN222742
EST:     GAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: GAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
EST: gi|211477893|gb|FL342552.1|FL342552
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCCAAATAT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTC-AAATAT
EST: gi|213191774|gb|FM182092.1|FM182092
EST:     ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAG                         TGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT
genomic: ACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtct ... tgttttacagTGACAAATTAGTGGAGCAAGCTGTTGGAATGCCTTCAGTTGCTCAAATATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAATGATGGGTTCTGGAAAAAGTACTGTGGGGAAGATCATGTCTGAAGTCTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtatgtgtctttttgtgaaagtaaactagcaatttgtcgaaggtttctatggatgctgtgatgcacaggtactgatgatgggctctgttgctctaaactatgttttacag

- - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG