Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttttcctctcagcaagcttattattgttatattcttcccaatctccaattgcattcgattgtttcctttggttctgtatttattttttaaagaagttcataaaccttaataatatgacaggtacctaagctaactcttttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158261_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G158261_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g17920.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttttcctctcagcaagcttattattgttatattcttcccaatctccaattgcattcgattgtttcctttggttctgtatttattttttaaagaagttcataaaccttaataatatgacaggtacctaagctaactcttttgcag
||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||   |||  | | | || || |     ||  | || ||||| ||  |   ||| |      |||    |||||||||||      |  ||  |     | | |      || |  ||  ||  ||                              
ATAACAGTAGATGGTGAAGTTGCCACTGATCCAGATATGATTCTCAGgtagctctat-ccactgattgtact-gtcatagttatcttgctt--aattttttgg-gcaacacattgtttccttca----taaatgaagaccatgatg----ctatgatgctctattttacag---------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58029903|gb|CX725330.1|CX725330
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185654|gb|FK976778.1|FK976778
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185662|gb|FK976786.1|FK976786
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211188054|gb|FK976789.1|FK976789
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185651|gb|FK976775.1|FK976775
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGNNGGNATATCATCGNTTTCCTTGGNAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185663|gb|FK976787.1|FK976787
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGC-ATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211188056|gb|FK976791.1|FK976791
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCG
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCG
EST: gi|211183259|gb|FK976773.1|FK976773
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185661|gb|FK976785.1|FK976785
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185650|gb|FK976774.1|FK976774
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|5268759|gb|AI770723.1|AI770723
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|76017214|gb|DT944384.1|DT944384
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211188059|gb|FK976794.1|FK976794
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|32909407|gb|CF014219.1|CF014219
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGG                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|76293168|gb|DV032736.1|DV032736
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211188058|gb|FK976793.1|FK976793
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211188055|gb|FK976790.1|FK976790
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185655|gb|FK976779.1|FK976779
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185660|gb|FK976784.1|FK976784
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|50333301|gb|CO528427.1|CO528427
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185656|gb|FK976780.1|FK976780
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211188057|gb|FK976792.1|FK976792
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185658|gb|FK976782.1|FK976782
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|33942227|gb|CF348827.1|CF348827
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185657|gb|FK976781.1|FK976781
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
EST: gi|211185652|gb|FK976776.1|FK976776
EST:     ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGT                         GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC
genomic: ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 159

ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 119

ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 105

ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 88

ATAACCGTTGATGGTGAAGTTGTCACTGATCCAGATATGACTCTGGTgtaatttttt ... tcttttgcagGGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG