1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
ATTTAAAGATTTTCCTACATCGGCTCTGCCATTGGTTGAAACTCTGCTTGCAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcctatcctatctcttctgttttgttagaaagaattttttaggtgcataatcagaaatgttactatgaagcaaagtatggtgctgcaggaaaac...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G156251_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGAN NNNNNNNCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATEST: gi|78180467|gb|DV550840.1|DV550840
genomic: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcct ... atggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
EST: CTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGAN NNNNNNNCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATATEST: gi|67028072|gb|CO456821.1|CO456821
genomic: CTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcct ... atggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
EST: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGAT NTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
genomic: CAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcct ... atggacttagTTTTTTTCAACCGAGCCTTATGCTTGTAACCCTTCAAGTCTGCCAACATAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTTAAAGATTTTCCTACATCGGCTCTGCCATTGGTTGAAACTCTGCTTGCAATTGATCCAGCTGAGCGACAAACTGCCTCAGCTGCATTACACAGTGATgtatgttcctatcctatctcttctgttttgttagaaagaattttttaggtgcataatcagaaatgttactatgaagcaaagtatggtgctgcaggaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caggaaaa