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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttccatagcattccagcacgtactgttaaaacacgcttcacttttctcactgataagcacctggtgtcggaattttatgttgaactcttgtttagctatgaaaatgaatgtttggtattaatattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G152775_T04
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgtt--ccatagcattccagcacgta------ctgttaaaacacgct-tcacttttctcactgataagcacctggtgtcggaattttatgttgaactcttgtttagctatgaaaatgaatgtttggtattaatattcag
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AATTCAGCTTGGGCAACCAGCTACTGTGAAAGTTGCAGCCAACTTAATTAGGTTGTTGGCTTATCAGAACAAGgtatattttctgtagcattctacgatacaagaatttcactaatacatgagatgaattctttctctgattc--------tttcatacattgattttaagctattgtctaattgccatattggtttttt--caccaattttcag

upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgtt--ccatagcattccagcacgta------ctgttaaaacacgc--ttcacttttctcactgataagca---cctggtgtcggaattttat-gttg-aactcttgtttagctatgaaaatgaatgtt-tggtattaatatt-cag----------------------------------
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AATTCAGCTTGGGCAGCCAGCTACCGTGAAAGTTGCAGCCAACTTAATTAGGTTGTTGGCTTATCAGAACAAGgtatattttctatagcattctgcgatccaataactccatgactacatgagatgaaattctttctctgatacacgattttttaagttattgttttattgtcgcaatggtttctctgatacacgattttaagttgttgttttattgtcgcaatggttttttttttaccattttttttatttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60359395|gb|DN226368.1|DN226368
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|84977380|gb|DW475802.1|DW475802
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|60343030|gb|DN210003.1|DN210003
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211422181|gb|FK988627.1|FK988627
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|32920162|gb|CF024974.1|CF024974
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTATGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211427393|gb|FK988656.1|FK988656
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211422178|gb|FK988624.1|FK988624
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211419575|gb|FK988608.1|FK988608
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211449613|gb|FL033174.1|FL033174
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|32860271|gb|CD999952.1|CD999952
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|148937130|gb|EC881305.2|EC881305
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|148951987|gb|EC897769.2|EC897769
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|18178562|gb|BM379772.1|BM379772
EST:     CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGACCAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|9742817|gb|BE518965.1|BE518965
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211451729|gb|FL033175.1|FL033175
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211427388|gb|FK988651.1|FK988651
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGGACA-GTACGAGGG
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGG-ACAAGTACGAGGG
EST: gi|211424798|gb|FK988647.1|FK988647
EST:     CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATYCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGG
genomic: CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTAT-CAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGG
EST: gi|211424785|gb|FK988634.1|FK988634
EST:     CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAANCA-G                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGG
genomic: CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAA-CAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGG
EST: gi|71423917|gb|DR806179.1|DR806179
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|71303126|gb|DR787669.1|DR787669
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|76016135|gb|DT943305.1|DT943305
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|60337945|gb|DN204918.1|DN204918
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|67013660|gb|CO442409.1|CO442409
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211285041|gb|FK988603.1|FK988603
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|67014760|gb|CO443509.1|CO443509
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|149102586|gb|EE287944.2|EE287944
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACAATGTTGCAAGCCTGGCCTGATTGTTGGAGGATGGGATAAGTACGAGG
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACA-TGTTGCAAGC-TGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGG
EST: gi|211419585|gb|FK988618.1|FK988618
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAMCAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTA
EST: gi|211419577|gb|FK988610.1|FK988610
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|9953599|gb|BE640182.1|BE640182
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211424789|gb|FK988638.1|FK988638
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211424791|gb|FK988640.1|FK988640
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211141148|gb|FL467356.1|FL467356
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCC-ACCTGATTAGG-TGCTASCTTATCAG-ACAAG                         AACATGTTSCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGGACAAGTACGAGGG
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGAT-GGGACAAGTACGAGGG
EST: gi|22819123|gb|BU499213.1|BU499213
EST:     CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|101398688|gb|EB821216.1|EB821216
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|32935675|gb|CF040487.1|CF040487
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGG
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGG
EST: gi|74235912|gb|DT643826.1|DT643826
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211427387|gb|FK988650.1|FK988650
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|89247977|gb|DY619763.1|DY619763
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|33104337|gb|CF064297.1|CF064297
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTATGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|148952879|gb|EC898871.2|EC898871
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|33102262|gb|CF062222.1|CF062222
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTATGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|148971697|gb|EE022425.2|EE022425
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCTACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
EST: gi|211422173|gb|FK988619.1|FK988619
EST:     CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAG                         AACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA
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genomic: CCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 434

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 412

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 355

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 377

AATCCAGCTTGGACAACCAGCTACCGTTAAAGTTGCAGCCAACTTGATTAGGTTGCTAGCTTATCAGAACAAGgtatgttcca ... taatattcagAACATGTTGCAAGCTGGCATGATTGTTGGAGGATGGGACAAGTACGAGGGAGGCCAAATTTTCTCAGTCCCTCTTGGTGGAACGATCTTGAAGCAACCAT