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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCATTACTACAGTTACTGTCAATGAGATTGCAACACCAGGACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatccaattcagtttattttttcttaagtggaagcttagggcatgtttggttcgtggctaactgcgccacactttgcctaaggttagtcgttcga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146670_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32919820|gb|CF024632.1|CF024632
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|31354274|gb|CD438631.1|CD438631
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211283575|gb|FL005708.1|FL005708
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211272931|gb|FL017958.1|FL017958
EST:     GAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32910365|gb|CF015177.1|CF015177
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32945222|gb|CF050041.1|CF050041
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|33093487|gb|CF053481.1|CF053481
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|13562162|gb|BG550382.1|BG550382
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32915544|gb|CF020356.1|CF020356
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32917034|gb|CF021846.1|CF021846
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32913382|gb|CF018194.1|CF018194
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|33092306|gb|CF052300.1|CF052300
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211283572|gb|FL005705.1|FL005705
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211283577|gb|FL005710.1|FL005710
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|31354722|gb|CD439079.1|CD439079
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|15208686|gb|BI430570.1|BI430570
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211283576|gb|FL005709.1|FL005709
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|13557920|gb|BG549276.1|BG549276
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|74243487|gb|DT651401.1|DT651401
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|30307135|gb|CD001808.1|CD001808
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|33094138|gb|CF054132.1|CF054132
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32910975|gb|CF015787.1|CF015787
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGG
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGG
EST: gi|61118574|gb|DN559535.1|DN559535
EST:     TCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGAAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: TCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|61118573|gb|DN559534.1|DN559534
EST:     ACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGAAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: ACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211283570|gb|FL005703.1|FL005703
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTT
EST: gi|32912387|gb|CF017199.1|CF017199
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|20208325|gb|BQ134414.1|BQ134414
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|31355357|gb|CD439714.1|CD439714
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|211281772|gb|FL005701.1|FL005701
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|24769460|gb|CA404589.1|CA404589
EST:     TAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: TAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|32936145|gb|CF040957.1|CF040957
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
EST: gi|21331617|gb|BQ486998.1|BQ486998
EST:     GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAG                         GTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT
genomic: GACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 286

ATCATTACTACAGTTACTGTCAATGAGATTGCAACACCAGGACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGTCTGACAGCCAATCCTGTAGCCAACCTCTCTGCTGCCTTTGGCACTAAGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 294

ATCATTACTACAGTTACTGTCAATGAGATTGCAACACCAGGACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGTCTGACAGCCAATCCTGTAGCCAACCTCTCTGCTGCCTTTGGCACTAAGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 221

ATCATTACTACAGTTACTGTCAATGAGATTGCAACACCAGGACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGTCTGACAGCCAATCCTGTAGCCAACCTCTCTGCTGCCTTTGGCACTAAGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 316

ATCATTACTACAGTTACTGTCAATGAGATTGCAACACCAGGACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatcc ... ctggtttcagGTTGAGCTTCAGTATTTGCATGATTATGCTGGAGTTAATGCAAGCGTTAGTCTGACAGCCAATCCTGTAGCCAACCTCTCTGCTGCCTTTGGCACTAAGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCATTACTACAGTTACTGTCAATGAGATTGCAACACCAGGACTGAAGACTATCTTAAGCTTTGCTGTTCCTGATCAGAGATCTGGAAAGgtaataatccaattcagtttattttttcttaagtggaagcttagggcatgtttggttcgtggctaactgcgccacactttgcctaaggttagtcgttcga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC