1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GTCAGACATTTAGAGAAAGGAAGAGTTGTCATATTTGCTGCTGGAACAGGGAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccatcttctactcttcactgatgaactattgtgattaaaaagatcttgataaacatgcttgcaggaatgtctattcattcacttttaaaaatag...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G139462_T04 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAMCCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|86466838|gb|DY233208.1|DY233208
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|76013764|gb|DT940934.1|DT940934
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: ATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|16377611|gb|BI992021.1|BI992021
genomic: ATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|13126431|gb|BG317001.1|BG317001
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTG-TGTATGATEST: gi|76285329|gb|DV024897.1|DV024897
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|86468320|gb|DY234690.1|DY234690
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|60395240|gb|DN228109.1|DN228109
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|74235298|gb|DT643212.1|DT643212
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|60343359|gb|DN210332.1|DN210332
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|148960320|gb|EE153576.2|EE153576
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAAT-TTGATGGGT-GTGTATGAEST: gi|71758718|gb|DR956655.1|DR956655
genomic: GTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGAT-GGTGGTGTATGA
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|6918328|gb|AW399858.1|AW399858
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTG-TGTATGATEST: gi|91878695|gb|EB408652.1|EB408652
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|211243939|gb|FL442196.1|FL442196
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAMCCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|78119796|gb|DV538180.1|DV538180
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGGTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|78106045|gb|DV524463.1|DV524463
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|50335607|gb|CO530733.1|CO530733
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGATEST: gi|50326141|gb|CO521267.1|CO521267
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
EST: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAA TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT-GTGTATGAT
genomic: GAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccat ... atgtgagcagTCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTGGTGTATGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCAGACATTTAGAGAAAGGAAGAGTTGTCATATTTGCTGCTGGAACAGGGAACCCATTCTTCACGACTGATACAGCTGCTGCTCTCCGTTGTGCCGAAAgtgagtccatcttctactcttcactgatgaactattgtgattaaaaagatcttgataaacatgcttgcaggaatgtctattcattcacttttaaaaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT