1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
AGGACCACGCAAGGAGATATACTATGAGCCAGAGGAAGTAAAAGCTGCTATAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAGgtccttatcttaagaagtgtccagacatttctgcatttcaaacccaaaattcttgacattcatgtcgaacatcaacatgaataaggttaaatcagctatt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G139360_T04 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAG ATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAAEST: gi|93280916|gb|EB673180.1|EB673180
genomic: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAGgtccttatct ... gtacatgcagATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAA
EST: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAG ATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAATATTGTTGGAATTCCAEST: gi|71757783|gb|DR955720.1|DR955720
genomic: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAGgtccttatct ... gtacatgcagATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAATATTGTTGGAATTCCA
EST: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAG ATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAATATTGTTGGAATTCCAEST: gi|71435418|gb|DR816468.1|DR816468
genomic: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAGgtccttatct ... gtacatgcagATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAATATTGTTGGAATTCCA
EST: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAG ATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAATATTGTTGGAATTCCA
genomic: TAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAGgtccttatct ... gtacatgcagATAGTATTCACCCTAGAGACCTATGGTGTTAAGAATATTGTTGGAATTCCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGACCACGCAAGGAGATATACTATGAGCCAGAGGAAGTAAAAGCTGCTATAGTTACCTGTGGAGGTCTATGTCCTGGTTTGAATGATGTCATCAGACAGgtccttatcttaagaagtgtccagacatttctgcatttcaaacccaaaattcttgacattcatgtcgaacatcaacatgaataaggttaaatcagctatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG