Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaactgggcttctggctatgggaggcatgccctatttttatattgcccttgcattaattaatatagctatcaaattaaataggcaaatccggtgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G134770_T03
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G134770_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g41010.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCC---AATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaactgggcttctggctatgggaggcatgccctatttttatattgcccttgcattaattaatatagctatcaaattaaataggcaaatccggtgc--------
|||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||    ||||| ||||| |||||     |||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||     ||   |    | ||   || |    |  | |  |   |      |  | ||  ||  || |  |  |||||    || | | |   || |        
CCATATGGCTATGGTGGCCGCCTGCCAATGGGGAGCCCCTATGGGCCGCCGATGCATATGGCAGGGCC---TCCATATTCTGCTGGATCCATGATGGGACCAGgtagg-----ggtgctacaacaatat-agactctactaactgctgagtacttgatttactagatacaatgggca--aaatttttgagaccatttatgtccttttatgc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211157322|gb|FK993534.1|FK993534
EST:     GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGG
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGG
EST: gi|78112738|gb|DV531132.1|DV531132
EST:     GATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|32841271|gb|CD980952.1|CD980952
EST:     GCAAATGGCTGGGCCCACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|32839908|gb|CD979589.1|CD979589
EST:     GCAAATGGCTGGGCCCACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|94480167|gb|EB709125.1|EB709125
EST:     GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|6021134|gb|AW066062.1|AW066062
EST:     GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|32841323|gb|CD981004.1|CD981004
EST:     GCAAATGGCTGGGCCCACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|32835369|gb|CD975047.1|CD975047
EST:     GCAAATGGCTGGGCCCACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|32840727|gb|CD980408.1|CD980408
EST:     GCAAATGGCTGGGCCCACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|211157317|gb|FK993529.1|FK993529
EST:     GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
EST: gi|32841497|gb|CD981178.1|CD981178
EST:     GCAAATGGCTGGGCCCACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT
genomic: GCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 62

CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTTCTGGTCCAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 36

CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTTCTGGTCCAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 48

CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTTCTGGTCCAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 27

CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaact ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATGCCCATGGACAGGTATGGGCTAATACCTGCTGGTTCTGGTCCAATG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCATATGGATATGGTGGCCGCATATCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATGGCTGGGCCAACCGCATACTCTGGTGGATCTATGATGGGAGCAGgtaggtaactgggcttctggctatgggaggcatgccctatttttatattgcccttgcattaattaatatagctatcaaattaaataggcaaatccggtgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG