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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactgttacatggttattttagaatttcctcgtctttggtattagacttcttgagccatgcatgctgtgttcacctgaaaactacaacactgacagttttactctgtaccgagttactgttctcctaacatgacgattcccaatattggttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G126821_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33101681|gb|CF061641.1|CF061641
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|30306590|gb|CD001263.1|CD001263
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGGGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|30307128|gb|CD001801.1|CD001801
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|120481438|gb|EH211291.1|EH211291
EST:     GACTGCGCCGCCCGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|4621426|gb|AI612259.1|AI612259
EST:     CTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGCGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: CTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|211208070|gb|FL437181.1|FL437181
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|6538929|gb|AW225068.1|AW225068
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|32915079|gb|CF019891.1|CF019891
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTGCCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|31362453|gb|CD446810.1|CD446810
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCAAACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|110481295|gb|EE011014.1|EE011014
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCCCCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|5510808|gb|AI857192.1|AI857192
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|211518207|gb|FL037244.1|FL037244
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|4621424|gb|AI612257.1|AI612257
EST:     CCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGCGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: CCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|30307129|gb|CD001802.1|CD001802
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|211301910|gb|FL443572.1|FL443572
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|211540690|gb|FL218505.1|FL218505
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|30032245|gb|CB834096.1|CB834096
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCAAAAAACACTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|61118621|gb|DN559582.1|DN559582
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|32849968|gb|CD989649.1|CD989649
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTGCCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|31353313|gb|CD437670.1|CD437670
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGG-CCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|30088234|gb|CB886439.1|CB886439
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|31353712|gb|CD438069.1|CD438069
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|60351487|gb|DN218460.1|DN218460
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|30306699|gb|CD001372.1|CD001372
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|149014517|gb|EE044146.2|EE044146
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|110527179|gb|EE031363.1|EE031363
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|211211019|gb|FL456131.1|FL456131
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|19770436|gb|BQ035157.1|BQ035157
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|28987076|gb|CB351452.1|CB351452
EST:     TGCGCCCCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCCG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCCCCTG
genomic: TGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|29543918|gb|CB604298.1|CB604298
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|24768430|gb|CA403559.1|CA403559
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACTGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|166649292|gb|EG227139.1|EG227139
EST:     CTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: CTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|60351254|gb|DN218227.1|DN218227
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|4573274|gb|AI586833.1|AI586833
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCA
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCA
EST: gi|88749634|gb|DY533775.1|DY533775
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCCCCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
EST: gi|83279186|gb|DV943194.1|DV943194
EST:     GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG
genomic: GACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 816

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTGTGGTGGACGGCACTGTACCTCCTCTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 875

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTGTGGTGGACGGCACTGTACCTCCTCTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 602

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTGTGGTGGACGGCACTGTACCTCCTCTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 411

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactg ... ttggttgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGCACCTGTGGTGGACGGCACTGTACCTCCTCTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGACTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCAGgtatatactgttacatggttattttagaatttcctcgtctttggtattagacttcttgagccatgcatgctgtgttcacctgaaaactacaacactgacagttttactctgtaccgagttactgttctcctaacatgacgattcccaatattggttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT