Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaattctactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G126594_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA11G37160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaat-----------tctactttgcgctgtcaga-gctatctttgcatctataatgtatgc--taattatgtcaatttctctgctgcag
 |||||||||    | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||  | || ||||| || ||||| ||||||||||| |                | |  ||||   | ||| | | |   |||   || |   | || |   |||   | |  ||| || |    |||
CCAGGCTAAGAGCAGACACTCCAATGGTCAAGGACGCTGGCCCGTCAAATCAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcctgtatatgcatttgatttgatttttcatatgattattttaagtcaactttctaagtaataaaacttttgattgctttaacacag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G10910.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgt----ctaca-attctactttgcgctgtcagagctatct-ttgcatctataatgtatgctaattatgtcaa-------tttctctgctgcag
 |||||||||  | | ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||    ||| | || ||  |||  ||| |   |  |  || || |||    | ||| | | |||||  | ||       ||| |    | |||
CCAGGCTAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGACGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATTCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtatgtctatatatacttttttttgcttttccatatggctatttcatgccaactgtttccaaattaatttaactgaaatttttttcttttcag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G27940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgt-ctaca-attctactttgcgctgtc---agagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgctgcag
||| || |||  | | ||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || |||||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||  || | | |||  ||| |  | ||   |  ||||| ||   || |  ||  ||    | | |      ||||| | | |   
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatatactctttttttccttttccatatggctattttatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag---

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G01110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaat---------tctactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgtatgctaattatg---tcaattt--ctctgctgcag
 |||||||||    | ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||| || |    |         | |  ||||   | ||| |    | |||  |   |   |  |   | |||||    |   |||  || |||  |||
CCAGGCTAAGAACAGACACTCCAATGGGCAAGGACGCTGGCCCGTCAAATCAGCTAAGTTCATTCTAGATTTGCTGAAGAATGCTGAGAGTAATGCTGAAgtatgtcctgtataagcatttgatttgatttttcatatgattattttaagtcaactttcaaagtcattatacttttggttttgctttgccacag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G67430.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtct-acaattctactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgta------tgctaat-----tatgtcaatttctctgctgcag--------
||| ||||||    | ||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||| | ||  |||| ||  | |||||||| || |||||||||||||||||   || |   | | ||    |     | || | | |   |      ||||      |||||||     ||| |  | ||      | |||        
TCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAATGGTCAAGGACGTTGGCCAGCCAAGTCTGCTCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATGCTGAGgtgagacgagcattcatttaattaaggaaactttttcttgtttctctctgtacccttttgctaataagcatattttgactttgaatgttcaggtgaaagg

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G27400.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtc-----tacaattctactt--tgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgctg-cag
|||||| |||    | || || || || || || ||||||||||  || |||||| ||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||      ||| | |||  ||  |  | || ||  |  || || |  |   | |   |  ||  || ||| ||    |  | |  |||
TCAGGCAAAGAACAGGCATTCGAACGGACAAGGTCGCTGGCCTGCTAAATCTGCTCAATTCGTTCTTGATCTTCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCTGAGgttggttttacgactctttttgttttgttgccatggtgattttag--ttagttactaaaact--ttttgtaaaccatttggttatcag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G67430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtct-acaattctactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgta------tgctaat-----tatgtcaatttctctgctgcag
||| ||||||    | ||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||| | ||  |||| ||  | |||||||| || |||||||||||||||||   || |   | | ||    |     | || | | |   |      ||||      |||||||     ||| |  | ||      | |||
TCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAATGGTCAAGGACGTTGGCCAGCCAAGTCTGCTCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATGCTGAGgtgagacgagcattcatttaattaaggaaactttttcttgtttctctctgtacccttttgctaataagcatattttgactttgaatgttcag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0010g03370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaattc--tactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgctgcag--------------------------
|||||| |||    | || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | || |||||||| ||||| |||||||| || |  | |||  | |  | | |  |     ||    ||  || ||||     |  | || |  |   ||| | |  |||                            
TCAGGCAAAGAACAGGCATTCAAATGGGCAAGGACGCTGGCCTGTCAAATCTGCTAAATACATCCTAGATTTGCTTAAGAATGCCGAGAGTAATGCTGATgtatgtatttcgttgcccttcaccatgtattctcggctt-tatttatagccccttttgat-agatagctttatttattgcccttactaataaatgtcaattcttacag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv17s0000g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctaca-attctac---tttgcgctgtcagagctatctttgcatcta-----taatgtatgctaatt---atgtcaatttctctgctgcag
|||||| |||   ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||| || || |  | ||| ||    ||||  |||| |       ||||     ||     | |   |   | |||   |||| ||  | | |    |||
TCAGGCAAAGAACCGCCATTCTAATGGACAAGGACGCTGGCCTGTCAAATCTGCAAAATTTATTCTGGATTTACTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCAGATgtatgtacattttaactgtttgtcctgttactttctcctttatcattacttgctgaaccacttttattttgatgtgaacatttttttcccag

upper sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0010g03380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt--ctactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgct-gcag
|||||| |||    | || || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | || |||||||| ||||| |||||||| || |  | |    | |  | | |  |     || |  ||   ||||||||     |||| ||  | ||| ||  | ||  |||
TCAGGCAAAGAACAGGCATTCGAATGGACAAGGACGCTGGCCTGTCAAATCTGCTAAATTCATCCTAGATTTGCTTAAGAATGCTGAGAGTAATGCTGATgtatgtattcaattgcccttcaccatgtattctctgctt-tgtctataattccaactaacta-ataaatgtcaattcttacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50333910|gb|CO529036.1|CO529036
EST:     CAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|32863531|gb|CF003213.1|CF003213
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211490990|gb|FL061102.1|FL061102
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|67034878|gb|CO463411.1|CO463411
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211047275|gb|FL465250.1|FL465250
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|14701464|gb|BI233882.1|BI233882
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|13149648|gb|BG319970.1|BG319970
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|76011925|gb|DT939095.1|DT939095
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|9731798|gb|BE510550.1|BE510550
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|67025568|gb|CO454317.1|CO454317
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|29947113|gb|CB816488.1|CB816488
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|44901076|gb|CK827621.1|CK827621
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|78026411|gb|DV494798.1|DV494798
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|71301597|gb|DR786861.1|DR786861
EST:     GAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: GAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211490985|gb|FL061097.1|FL061097
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|31997674|gb|CD661710.1|CD661710
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|50329072|gb|CO524198.1|CO524198
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|76011924|gb|DT939094.1|DT939094
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|40333920|gb|CK367990.1|CK367990
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|71301596|gb|DR786860.1|DR786860
EST:     GAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: GAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|4610116|gb|AI600955.1|AI600955
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|71319581|gb|DR796538.1|DR796538
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|33770648|gb|CF272942.1|CF272942
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|78089300|gb|DV517674.1|DV517674
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211496762|gb|FL061129.1|FL061129
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|76286824|gb|DV026392.1|DV026392
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|30088088|gb|CB886293.1|CB886293
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|50333911|gb|CO529037.1|CO529037
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|29946361|gb|CB816112.1|CB816112
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211490997|gb|FL061109.1|FL061109
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|78089302|gb|DV517676.1|DV517676
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|67043103|gb|CO469358.1|CO469358
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|45847409|gb|CN071352.1|CN071352
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211490989|gb|FL061101.1|FL061101
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211493873|gb|FL061115.1|FL061115
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|9255119|gb|BE345587.1|BE345587
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|108824025|gb|EC278033.1|EC278033
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211493879|gb|FL061121.1|FL061121
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211427864|gb|FL460788.1|FL460788
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|32910969|gb|CF015781.1|CF015781
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211001401|gb|FL437014.1|FL437014
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211386229|gb|FL452890.1|FL452890
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|14585587|gb|BI135339.1|BI135339
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGCCCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|33101198|gb|CF061158.1|CF061158
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|33094670|gb|CF054664.1|CF054664
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|60394642|gb|DN227512.1|DN227512
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|31664276|gb|CD573001.1|CD573001
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|76912495|gb|DV164760.1|DV164760
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|28576124|gb|CB282016.1|CB282016
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCCCCTTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|30088089|gb|CB886294.1|CB886294
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211490988|gb|FL061100.1|FL061100
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAAGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|211496760|gb|FL061127.1|FL061127
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAG
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAG
EST: gi|4730495|gb|AI649661.1|AI649661
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|213172413|gb|FM189295.1|FM189295
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|89755157|gb|DY685693.1|DY685693
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|24765793|gb|CA400952.1|CA400952
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|31358169|gb|CD442526.1|CD442526
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|71434744|gb|DR815794.1|DR815794
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACA
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACA
EST: gi|33093515|gb|CF053509.1|CF053509
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
EST: gi|50329073|gb|CO524199.1|CO524199
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAA
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAA
EST: gi|211199565|gb|FL177986.1|FL177986
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGT
EST: gi|76912497|gb|DV164761.1|DV164761
EST:     CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAG                         GTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT
genomic: CTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaatt ... tctgctgcagGTGAAAGGACTTGATGTGGATACCCTCTATGTGTCGCACATTCAAGTTAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgtctacaattctactttgcgctgtcagagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG