Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTTTGTCGAGTCTGTACTCGGGAAGCGTATGTGTATGGAACTACCAGACTCAGgtaggtgattgttcatgcttcacagtagcttatgcctgtgattttctactaaattgggctgttggatgagcattttatgctatactgcttagccattact...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G124886_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G124886_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g11830.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATTTTGTCGAGTCTGTACTCGGGAAGCGTATGTGTATGGAACTACCAGACTCAGgtaggtgattgttcatgcttcacagtagcttatgcctgtgattttctactaaattg--ggctgttg------gatgagcattttatgctatactgcttagccattact
|||||||||||||||||| || || ||||| ||  | |||||||||||||| ||||||  ||| ||||||       ||||||||||     || ||||||| ||   ||   || | ||       |||||  || |  | | |    ||| |||  ||   
GATTTTGTCGAGTCTGTATTCAGGGAGCGTTTGCATCTGGAACTACCAGACGCAGgtacatgactgttca-------cagtagctta-attcgtcattttctgctggtttcatggattttatgaaatgatgattatctactaccagcacgctgagcttttgta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32825347|gb|CD965069.1|CD965069
EST:     TGTCGAGTCTGTACTCGGGAAGCGTATGTGTATGGAACTACCAGACTCAG                         ACAATGGTGAAATCATTTGAAGTCACGGATTTACCAG
genomic: TGTCGAGTCTGTACTCGGGAAGCGTATGTGTATGGAACTACCAGACTCAGgtaggtgatt ... tcattcctagACAATGGTGAAATCATTTGAAGTCACGGATTTACCAG
EST: gi|78107583|gb|DV526001.1|DV526001
EST:     TATGTGTATGGAACTACCAGACTCAG                         ACAATGGTGAAATCATTTGAAGTCACAGATTTACCAG
genomic: TATGTGTATGGAACTACCAGACTCAGgtaggtgatt ... tcattcctagACAATGGTGAAATCATTTGAAGTCACGGATTTACCAG