1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
ATGCAGAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatttttactttttgcatttacaatttcaaatttgaccaaaccaagggacattctagaacttttactaaacttgtatacaactctgtattgcttgaatcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G117388_T04 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGEST: gi|211211598|gb|FL477381.1|FL477381
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
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genomic: TATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
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EST: AGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGEST: gi|16927150|gb|BM080219.1|BM080219
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: TGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGEST: gi|37392930|gb|CF633718.1|CF633718
genomic: TGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
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genomic: GATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGCAGAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatttttactttttgcatttacaatttcaaatttgaccaaaccaagggacattctagaacttttactaaacttgtatacaactctgtattgcttgaatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT