Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114172_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G114172_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g65450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagc-ttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcag
|||| ||| |||||||| | ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||| ||| || ||||| || || |  || |      | | |||| |        |||||| |||  | ||| ||||||
ATCTACACGAGTTCCTCTCTGCTGCATATTCAGAATATGATATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcgttttgtgatcctgatctatcagttaactggttatggttgtgctgtgaaac-----aagtaaagaaa-------aatacaattggcctttgaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78106133|gb|DV524551.1|DV524551
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|37401670|gb|CF638203.1|CF638203
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78113538|gb|DV531929.1|DV531929
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCCACTAG                         TATGAAATGGGGTGGAGTTG
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGG-TGGAGTTG
EST: gi|78180520|gb|DV551013.1|DV551013
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|148958196|gb|EC904401.2|EC904401
EST:     TTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78090560|gb|DV518934.1|DV518934
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|8551534|gb|BE128880.1|BE128880
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78113537|gb|DV531928.1|DV531928
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|211170844|gb|FL475252.1|FL475252
EST:     CAAAA-ATGACATCATGAAAGGGTCAGCAACTAG                         TTTGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|76021043|gb|DT948213.1|DT948213
EST:     TTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78106134|gb|DV524552.1|DV524552
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78543692|gb|DV621190.1|DV621190
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|9743097|gb|BE519245.1|BE519245
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|110957655|gb|EE177707.1|EE177707
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|20337038|gb|BQ172668.1|BQ172668
EST:     GCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAGCTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: GCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|60351760|gb|DN218733.1|DN218733
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78090561|gb|DV518935.1|DV518935
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78103926|gb|DV522344.1|DV522344
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|12058284|gb|BF733104.1|BF733104
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|76021044|gb|DT948214.1|DT948214
EST:     TCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCCAGCA-CTAG                         TATGAAATGGGTGGAGT
genomic: TCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTC-AGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGT
EST: gi|149088593|gb|EE177708.2|EE177708
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|37401175|gb|CF637951.1|CF637951
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|32845859|gb|CD985540.1|CD985540
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|101394401|gb|EB819135.1|EB819135
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|71772417|gb|DR970350.1|DR970350
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 101

ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 87

ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 67

ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 108

ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcag

- - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - -  AGCTGC