Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttctccttcccttgccttgcacaccgttcggtgccatatcatggttgacttgactgagctgttaatcaatttgtttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114126_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G114126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g16690.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagtttt-ctccttcccttgccttgcacaccgttcggtgccatatcatggttgacttgactgagctgttaatcaatttgtttcag
|||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||  ||||| ||| |||||| | ||||||||||   ||  ||  |     |   ||||| | ||||  |     || || ||||   |  | ||||||
TTGATGGAATACTGTGAACTTTTAGACAAAGCAGATGAATGCGAAGACCCGTACATGCGTATGGCATATGCCTgtaagttttgcaccttcccttg---tgagcaatgcc---tttaatatccttgttgttt-----gatcttttaacttaact-tttcag

upper sequence: GRMZM2G114126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G04210.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttctccttcccttgccttgcac-accgttcggtgccatatcatggttgacttgactgagctgttaatcaatttgtttcag--------------
|||||||| ||||   |  |||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| |||||||| | |  | || |||  || | |   | ||   |    | |  || |  | |  | |||  | | |    |   ||    |              
TTGATGGAGTACTCCTACCTGTTAGATCAGGCAGATGAATGTGAGGACCCATACATGCGGCTGGTGTATGCATgtgagttatttgttccctttgtatttctctgtcattttttaat-tgttttgatcaattgaattgaattttcatcttaaaggtaatggagggtgttgtaaac

upper sequence: GRMZM2G114126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G06690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttctccttcccttgccttgcacaccgttcggtgccatatcatggttgacttgactgagc-tgttaatcaatttgtttcag--------------
|||||||| ||||   | ||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||  | |  |||| ||    |   | |  ||   |   || ||    |    ||||     | |  |    |  | |||| ||              
TTGATGGAGTACTCCTACTTGTTAGATCAAGCAGATGAATCAGAGGATCCATACATGCGGTTAGTTTATGCAAgtgagtaatttt-ttccttttttattttctcttttaactcttatttcccaatcacattgaaaagtcgtcctggggatatagttttagataggaatgaatgg

upper sequence: GRMZM2G114126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0004g04930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttctccttcccttgcc-ttgcacaccgttcggtgccatatcatggttgacttgactgagctgttaatcaatttgtttcag
|| ||||||||||   |  ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| |  || | |  |     || ||   | | |  ||   |||| ||||| |  ||   || || | |    | |  || |||
TTAATGGAATACTCCCACCTGTTAGATAAAGCAGATGAATGCGAGGATCCTTACATGCGATTGGTGTATGCTTgtgagtatattcttgcattaaatatttcagggcataca-tgtattatc-tggttaa--tggtggaactttaatgttactaattgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211354689|gb|FL118768.1|FL118768
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|91055718|gb|EB166136.1|EB166136
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|67040089|gb|CO466344.1|CO466344
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|74236529|gb|DT644443.1|DT644443
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|26558339|gb|CA830574.1|CA830574
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCT
EST: gi|211354686|gb|FL118765.1|FL118765
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|149105113|gb|EE290596.2|EE290596
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|148961873|gb|EE012659.2|EE012659
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|78120437|gb|DV538821.1|DV538821
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
EST: gi|87155561|gb|DY400350.1|DY400350
EST:     AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTT                         CTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT
genomic: AGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 96

TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTACGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 253

TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTACGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 235

TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTACGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 91

TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttc ... tttgtttcagCTACATGGGCTGTTTCGGTATACTTCGCGTATCAGCGCACATGGAAGCCTTTTAATCCGATCCTTGGAGAGACTTACGAGATGGTTAACCACCAGGGCAT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGATGGAATACTGTGAGTTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGCGTATGGTTTATGCTTgtgagttttctccttcccttgccttgcacaccgttcggtgccatatcatggttgacttgactgagctgttaatcaatttgtttcag

- - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT