Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCGGAACCTCTTCTGCAAGTGGTGGAGTGTCGCATTTGTCAGGAGGAAGATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgttactccattcttcttattcatttattatggatatataattatactccatatctaattattatctgaagtgtcaagagttttgcctgtagcga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g24650.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGCGGAACCTCTTCTGCAAGTGGTGGAGTGTCGCATTTGTCAGGAGGAAGATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttc--gtgttactccattcttcttattcatttattatggatatataattatac-tccatatctaa---ttattatctgaagtgtcaagagttttgcctgtagcga
||  ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||     |||  ||||       | |  ||  ||     | | || | |    ||  | | |||     |  || |||| |      || ||  |  ||     
AGAAGAACCTCTTCTGCAGTTGGTGGAATGTCGCATTTGTCAGGAGGAAGACAGTATAAAAAATCTGGAGAGCCCATGTGCCTGTACTGGCAGTCTAAAGgttcaaacattatcccatgaactccagtt-ttagttgcaagtgtttattcaagtatctctgtttaaagggcaacatatgaaattaggcaagattaactcgt-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91877839|gb|EB407796.1|EB407796
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGA
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCCATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: -TAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|211143062|gb|FL281157.1|FL281157
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|71311806|gb|DR792364.1|DR792364
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAAT
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAAT
EST: gi|440689|gb|T14710.1|T14710
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91049342|gb|EB159760.1|EB159760
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTT
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTT
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA