Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTGGATCTCGTAGTACATATGAATCATGCTAGACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagagaacattctgatttacttttgtcattttctccacttggaagcgtactgtgttagttgtagttatgtttgctacgtatatgttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G111713_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211131767|gb|FL358660.1|FL358660
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211177445|gb|FL359118.1|FL359118
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCANAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211361987|gb|FL325579.1|FL325579
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211474664|gb|FL315663.1|FL315663
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211093125|gb|FL308869.1|FL308869
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211147018|gb|FL367795.1|FL367795
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211532039|gb|FL347052.1|FL347052
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|71443106|gb|DR824156.1|DR824156
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211378112|gb|FL330003.1|FL330003
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|50337823|gb|CO532949.1|CO532949
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211043460|gb|FL324042.1|FL324042
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|101389514|gb|EB816695.1|EB816695
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211203210|gb|FL341871.1|FL341871
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTT
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTT
EST: gi|211526596|gb|FL367655.1|FL367655
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211333000|gb|FL319500.1|FL319500
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211095786|gb|FL316217.1|FL316217
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|61119623|gb|DN560584.1|DN560584
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|38687337|gb|CK144368.1|CK144368
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211208019|gb|FL322438.1|FL322438
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211140827|gb|FL324953.1|FL324953
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211442630|gb|FL341621.1|FL341621
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|89758224|gb|DY687488.1|DY687488
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|88758133|gb|DY542274.1|DY542274
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211061706|gb|FL341836.1|FL341836
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|148938688|gb|EC883024.2|EC883024
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|71420010|gb|DR804975.1|DR804975
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211482873|gb|FL313335.1|FL313335
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|211412583|gb|FL353839.1|FL353839
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|148989211|gb|EE031705.2|EE031705
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|32913045|gb|CF017857.1|CF017857
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|91048124|gb|EB158542.1|EB158542
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
EST: gi|76923558|gb|DV169546.1|DV169546
EST:     GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAG                         GTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC
genomic: GACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 149

GTTCTGGATCTCGTAGTACATATGAATCATGCTAGACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTACAGCCCACGGGAACGCATTCCCTTCTGGAAAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 79

GTTCTGGATCTCGTAGTACATATGAATCATGCTAGACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTACAGCCCACGGGAACGCATTCCCTTCTGGAAAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 116

GTTCTGGATCTCGTAGTACATATGAATCATGCTAGACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTACAGCCCACGGGAACGCATTCCCTTCTGGAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 185

GTTCTGGATCTCGTAGTACATATGAATCATGCTAGACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagaga ... atatgttcagGTTGGTCTGAAGGTTGCCATGATGAGTCCTGGTTTCGTATATGAGCCGTACAGCCCACGGGAACGCATTCCCTTCTGGAAAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTGGATCTCGTAGTACATATGAATCATGCTAGACCGATGTCAACAGCAGCAGCATCAAAGGTGCCTGTTGGAGCCCGGAAGgtgtgagagaacattctgatttacttttgtcattttctccacttggaagcgtactgtgttagttgtagttatgtttgctacgtatatgttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG