Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATATGGATATGGTGGTCCCATACCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggcttctctctatgataggcatgccttattttgttattgcccttgcattaattaatctagctattgaattaatgcaaatctgatgctttcaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107106_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32929362|gb|CF034174.1|CF034174
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|87157624|gb|DY402413.1|DY402413
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|71765408|gb|DR963345.1|DR963345
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|26559278|gb|CA831513.1|CA831513
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACA
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACA
EST: gi|71439462|gb|DR820512.1|DR820512
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|74243877|gb|DT651791.1|DT651791
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|74238077|gb|DT645991.1|DT645991
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|71439479|gb|DR820529.1|DR820529
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|31353283|gb|CD437640.1|CD437640
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|211019422|gb|FL374992.1|FL374992
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGC
EST: gi|87157437|gb|DY402226.1|DY402226
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGG
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGG
EST: gi|32929980|gb|CF034792.1|CF034792
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|22819789|gb|BU499879.1|BU499879
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGGCAGCAG                         GTGGAATGTATGGAAT
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAAT
EST: gi|71313389|gb|DR793245.1|DR793245
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|71446967|gb|DR828017.1|DR828017
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|148947916|gb|EC893413.2|EC893413
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
EST: gi|78115667|gb|DV534055.1|DV534055
EST:     GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAG                         GTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC
genomic: GCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggc ... caataaacagGTGGAATGTATGGAATTCCCATGGACAGGTATGGGCCAATACCTGCTGGTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATATGGATATGGTGGTCCCATACCAATGGGGAGCCCCTACGGGCCAATGCAAATTGCTGGGCCAACTCCATACTCTGGTGGAACTATGATGACAGCAGgtaacagggcttctctctatgataggcatgccttattttgttattgcccttgcattaattaatctagctattgaattaatgcaaatctgatgctttcaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA