1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GAGGGTTTCAGTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatctgctacactccatttttgtggtcattatcttgtttttaaatgttctatactgctctgttgcttgcagaacatctatttagtagcttcaat...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G106703_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|76910920|gb|DV164096.1|DV164096
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|71766048|gb|DR963985.1|DR963985
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|148996297|gb|EE035579.2|EE035579
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCACCGGCATTGAGGATEST: gi|71441617|gb|DR822667.1|DR822667
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGEST: gi|89762712|gb|DY690189.1|DY690189
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATG
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|78080373|gb|DV508785.1|DV508785
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|148941255|gb|EC886153.2|EC886153
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|71443272|gb|DR824322.1|DR824322
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|149100748|gb|EE186842.2|EE186842
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|211442263|gb|FL092836.1|FL092836
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|78111482|gb|DV529879.1|DV529879
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|148940694|gb|EC885510.2|EC885510
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|71425695|gb|DR806841.1|DR806841
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|71298212|gb|DR785082.1|DR785082
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|50331808|gb|CO526934.1|CO526934
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGATEST: gi|71304145|gb|DR788192.1|DR788192
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
EST: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACT GTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
genomic: GTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatc ... tcacgaacagGTTGGGATATACTTGCCTTGTTATGATATATTCCGCAACGGCATTGAGGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGGGTTTCAGTAGACTATGGAGAGGAACAAATGCAGGCTTAGCATTAGCTGTACCCACTgtaagttatctgctacactccatttttgtggtcattatcttgtttttaaatgttctatactgctctgttgcttgcagaacatctatttagtagcttcaat
- - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - AGAGGA