Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTATTGCTGGTGCTTCCAAACTGTTGGCTAACATCCTTTATTCATATCGTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtttgttttggttattacaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102596_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CTCTATTGCTGGTGCTTCCAAACTGTTGGCTAACATCCTTTATTCATATCGTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtttgttttggttattacaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctag
|||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                |||   ||| |||   | |     ||  | |   || |  ||   ||| | |  |  | | |     ||||||  |  | ||| |||||||
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtga----------------attcagcctacatgccttt---gattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctata---cttaatgtgttctatctcgatctag

upper sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G13060.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CTCTATTGCTGGTGCTTCCAAACTGTTGGCTAACATCCTTTATTCATATCGTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcg--tttgttttggttatt--acaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggct--ttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctag
|||| || | || ||||| |||||  | || ||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| || |  || | |         ||    | ||  ||||  | |||||  ||  |     | |     |    ||||     | | |||  || ||| |   ||                     
CTCTGTTTCCGGAGCTTCGAAACTTCTTGCCAACATGCTCTATTCATACCGTGGAATGGGACTTTCTGTTGGTACAATGATTGCTGGATGGGACGAAACTgtcagtaaaaccaacttcatatcttcaacactgttattttcttcccacgcaaaaggaaattttgaaatgctaaatccgtttacttcttgtataatag--------------------

upper sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CTCTATTGCTGGTGCTTCCAAACTGTTGGCTAACATCCTTTATTCATATCGTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtttgttttggttattacacct-tcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctag
|||| || | || ||||| || ||  | |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||| |  || | |    |    |   |||   | || | ||||   |||  ||     | |  |  ||  |  ||     |     |  | || ||   | ||   | | ||||  |||
CTCTGTTTCAGGAGCTTCAAAGCTTCTTGCTAACATGCTCTATTCATATCGTGGAATGGGACTTTCTGTTGGCACAATGATTGCTGGATGGGATGAAACAgtcagtaccctaaactttatatcctaactgttatttccttctcggtctgtagtttcactcaccaaagcgaaagtcgagatgctaaaatt--gtaat--cttttttgaaatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542071|gb|BU092509.1|BU092509
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|22521291|gb|BU080102.1|BU080102
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211480625|gb|FL107338.1|FL107338
EST:     GTGGGATGGGACTGTCSATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGTTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG
EST: gi|50338044|gb|CO533170.1|CO533170
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGNGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|71434177|gb|DR815227.1|DR815227
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211492156|gb|FL107392.1|FL107392
EST:     GTGGGATGGGACTGKCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTG
EST: gi|71435404|gb|DR816454.1|DR816454
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGG
EST: gi|211489283|gb|FL107389.1|FL107389
EST:     GGGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTNGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGT
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGT
EST: gi|211396655|gb|FL107314.1|FL107314
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGAGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|33103207|gb|CF063167.1|CF063167
EST:     GGTACAAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GGTAC-AATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|20803220|gb|BQ294270.1|BQ294270
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|5268934|gb|AI770898.1|AI770898
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|74239035|gb|DT646949.1|DT646949
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|94476027|gb|EB704985.1|EB704985
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211486400|gb|FL107372.1|FL107372
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACCATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGGCT-GTACTATGTTGACAATGGAGG-TGCGCGGCTCGTGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGG-CTTGTACTATGTTGACAGTG-AGGGTGCGCGGCTCGTGG
EST: gi|22819801|gb|BU499891.1|BU499891
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211489280|gb|FL107386.1|FL107386
EST:     GKGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGKACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCTATTGCTGGTGCTTCCAAACTGTTGGCTAACATCCTTTATTCATATCGTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtttgttttggttattacaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA