Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcctcttcaattacatgatttctgattgttattcttatcttattttttgttacttaaattatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099317_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g17710.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaag-----------ttgcctcttcaattacatgat--ttctgattgttattcttatcttattttttgttact--taaatt-atcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag
            |  |||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||           |||| |    ||  ||||  |  | || |||  | |||||   | || |  || | ||  | |||| || || |||| |||  | |||| | || |  || |||| |  | ||||||||| |||||
-----------TCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAGTAAGCAGTTCTTTGgttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgat--gt-tcttttcaaaaaattgtgcatgcag

upper sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaag-----------ttgcctcttcaattacatgat--ttctgattgttattcttatcttattttttgttact--taaatt-atcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag
|| |||||||| |  |||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||           |||| |    ||  ||||  |  | || |||  | |||||   | || |  || | ||  | |||| || || |||| |||  | |||| | || |  || |||| |  | ||||||||| |||||
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgat--gt-tcttttcaaaaaattgtgcatgcag

upper sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcctcttcaattacatgatt--tctgattgttattcttatcttattttttgttacttaa--attatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag
||||||||||| |  |||||||| || |||||  ||||| | || |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||||  || | |   |   |  ||  | |||||  | || || |||  ||   |     |      |  || |  || ||   ||  || |   |||| |  | |||||| || |||||
GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgt-tcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaagctgctgctgaattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87155664|gb|DY400453.1|DY400453
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|86472004|gb|DY238374.1|DY238374
EST:     ATGGCGGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAGGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251028|gb|FL007477.1|FL007477
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71310802|gb|DR791706.1|DR791706
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|50336824|gb|CO531950.1|CO531950
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251036|gb|FL007485.1|FL007485
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251030|gb|FL007479.1|FL007479
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGG
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGG
EST: gi|76280523|gb|DV020091.1|DV020091
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148941832|gb|EC886805.2|EC886805
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71438958|gb|DR820008.1|DR820008
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|22491590|gb|BU051513.1|BU051513
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71298912|gb|DR785451.1|DR785451
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251034|gb|FL007483.1|FL007483
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148934490|gb|EC878531.2|EC878531
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71771421|gb|DR969358.1|DR969358
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|19436214|gb|BM952624.1|BM952624
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211248808|gb|FL007473.1|FL007473
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|31406034|gb|CD484766.1|CD484766
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251029|gb|FL007478.1|FL007478
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251027|gb|FL007476.1|FL007476
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCC-TCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|26558569|gb|CA830804.1|CA830804
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211248809|gb|FL007474.1|FL007474
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71438768|gb|DR819818.1|DR819818
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|29945034|gb|CB815435.1|CB815435
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|76282712|gb|DV022280.1|DV022280
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|74232122|gb|DT640036.1|DT640036
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|37425051|gb|CF650261.1|CF650261
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211248807|gb|FL007472.1|FL007472
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|19351122|gb|BM895654.1|BM895654
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|87153453|gb|DY398242.1|DY398242
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|149070621|gb|EE159032.2|EE159032
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|89251320|gb|DY623106.1|DY623106
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|76014888|gb|DT942058.1|DT942058
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|50333687|gb|CO528813.1|CO528813
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|76289551|gb|DV029119.1|DV029119
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|149108516|gb|EE292817.2|EE292817
EST:     TGGCAGGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGA
genomic: TGGCAGGG-ATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGA
EST: gi|211251031|gb|FL007480.1|FL007480
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|23357517|gb|BU645166.1|BU645166
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148934137|gb|EC878155.2|EC878155
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251037|gb|FL007486.1|FL007486
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148959184|gb|EE010639.2|EE010639
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcctcttcaattacatgatttctgattgttattcttatcttattttttgttacttaaattatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG