Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G093902_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgtt-ttcttag
||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     | | | | | ||  | || |   |     |||  || ||     ||| || | |   || | | |||| ||  ||  || | |  ||   ||
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgta----ctctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttgga-----ttcctgctct---atttatgtattgatttgctgttctttggtttacag

upper sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttag
||| || ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||  |  |       | |        | |    |   ||| | |     | |   | ||  ||   | |  || |       || ||||    ||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctgcagaagggacttgggtttgaagtttgtgatattggggtg---ttgctttgtgtgatggttttggttgt-------ttggtttgagcag

upper sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttag
||| || ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||  | ||       | |        | |    |   ||| | |     | |   | ||  ||   | |  || |       || ||||    ||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtg---ttgctttgtgtgatggttttggttgt-------ttggtttgagcag

upper sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagccctt-ttgttttcttag-----
||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||       |||   |          | |  | ||   || ||  | ||   |  | |||  |  || | | |    |   |  |||||| ||| |     
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttg-------ttcagga---------gaagtgacttgcctttgaagttgtg-atattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag

upper sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccccc---ttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaatt-agagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagccc--ttttgttttcttag
||| || || || || || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||      | |    ||   | || |  |  | ||  |      || |||  || |     |   | ||   |||   | |  ||     |  |  ||  ||  
GGCGTGCTACGGAGTGCTGAGGTTTATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGCTGTGAGgtacatttcacaatgttataattttttgattactgtgagcgattttgagaagtcatctacta---gtaagtcctaacatcacgagtagaatactagttatttg-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60342788|gb|DN209761.1|DN209761
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|211411263|gb|FK965131.1|FK965131
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGAGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|74235988|gb|DT643902.1|DT643902
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|74240382|gb|DT648296.1|DT648296
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|148973769|gb|EE024903.2|EE024903
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|16917288|gb|BM073218.1|BM073218
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|4646893|gb|AI621968.1|AI621968
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|50328603|gb|CO523729.1|CO523729
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|60347103|gb|DN214076.1|DN214076
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|76013473|gb|DT940643.1|DT940643
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|211411261|gb|FK965129.1|FK965129
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGAGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|4647182|gb|AI622257.1|AI622257
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|60397108|gb|DN229927.1|DN229927
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|88757758|gb|DY541899.1|DY541899
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|12971830|gb|BG267679.1|BG267679
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAGGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|78109693|gb|DV528109.1|DV528109
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|211053864|gb|FL037807.1|FL037807
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGAGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|60398401|gb|DN231217.1|DN231217
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|50339749|gb|CO534875.1|CO534875
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|60346506|gb|DN213479.1|DN213479
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAACGAGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|74244112|gb|DT652026.1|DT652026
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|78024902|gb|DV493289.1|DV493289
EST:     GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagccc ... gttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttag

- - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA