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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacagctaccttctccttactttaaaattgtctcatctttggtattagacttcttgagcccatgcatgttgtgttcacaagaaaactataacactgacagttctactttgtaccgagttactgttgtcctaacatgacgattcccaatttcgtttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G092719_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G092719_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g08440.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
---GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacagctaccttctccttactttaaaattgtctcatctttggtattagact-tcttgagcccatgcatgttgtgttcacaagaaaactataacactgacagttctactttgtaccgagttactgttgtcctaacatgacgattcccaatttcgtttgcag
   ||||||   | | |||| || |||  || ||||||||||||||||||||||||||| || || | |||| ||  |||||   ||||||| || ||||| ||| | |     || |  || || |  |    ||  | | | |   |||||   ||| |  ||  ||  || || ||||  |    |     ||| ||   | | |                                                            
ACTGATTACACCGCACCTGAACAATGGTCTGCTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCTCCCCCAGCTGCTACTGTTGGTG---ATTGGGGCGCAGCTCCAGgtttgtg-gtttatccccttctaatatatttatatttttaacca-ggtatataactgttgtggacctctgaattttgttcttgtgatg---ctaaaaatttcata------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60350639|gb|DN217612.1|DN217612
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|29544057|gb|CB604437.1|CB604437
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|30306898|gb|CD001571.1|CD001571
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|60344945|gb|DN211918.1|DN211918
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|211424596|gb|FL437748.1|FL437748
EST:     GGCTGCACCACYTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTA-CTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|31910441|gb|CD651425.1|CD651425
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCAGTAACCT
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTA-CCT
EST: gi|60394692|gb|DN227562.1|DN227562
EST:     GGCTGCGCCGCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCTGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|45847162|gb|CN071105.1|CN071105
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|50330905|gb|CO526031.1|CO526031
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|71773593|gb|DR971491.1|DR971491
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|71773592|gb|DR971490.1|DR971490
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|211231318|gb|FL465893.1|FL465893
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|32913880|gb|CF018692.1|CF018692
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|211518212|gb|FL037249.1|FL037249
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|33093619|gb|CF053613.1|CF053613
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTA
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTA
EST: gi|211518209|gb|FL037246.1|FL037246
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
EST: gi|29544201|gb|CB604581.1|CB604581
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGG                         CTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 153

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTGCGGACGGCACTGTACCTCCAGTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 182

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTGCGGACGGCACTGTACCTCCAGTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 86

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTGCGGACGGCACTGTACCTCCAGTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 65

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacag ... tcgtttgcagCTCCAGTTCCTACCGGTGAAGGCTGGGATCAAGCCGGGGCCCCTGTACCTGCGGACGGCACTGTACCTCCAGTGGTTGCTCCTACTGGTTGGGACCAAGC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGTGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCTCCGGgtatatacagctaccttctccttactttaaaattgtctcatctttggtattagacttcttgagcccatgcatgttgtgttcacaagaaaactataacactgacagttctactttgtaccgagttactgttgtcctaacatgacgattcccaatttcgtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT