Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactaaattacaagagttactctctcttctatttgagacttgattggagtgatgcttatattcttttcttttttgttttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088088_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G088088_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g06350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactaaattacaagagttactctctcttctatttgagacttgattggagtgatgcttatatt------cttttcttttttgttttgcag----------
||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| || || | ||||| ||| |||||||| ||||| |||| |||     | |||  |||   | | |   |||  |  | ||| ||    |  ||||| ||| |||       || ||| | || ||||  |           
ATCAGGCACATCAGATAACACCAAAGTGGTAGTTGAGTCTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAACTGCTTAGCTCCCCCAGTGAGGATGTCCGTGAGCAGgtatgtcaacagttaacagaagaattataatttccctgagggacctgtactgcatgatgtttagattgttacatttctctctctttttttttaaatcttcgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88758378|gb|DY542747.1|DY542747
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|13558022|gb|BG549378.1|BG549378
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTT
EST: gi|211413307|gb|FL164847.1|FL164847
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCAAAAGTGTCC-TGA
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTG-CCGTGA
EST: gi|211376201|gb|FL253486.1|FL253486
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGC
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGC
EST: gi|211410763|gb|FL164838.1|FL164838
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAGGTGTCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211410766|gb|FL164841.1|FL164841
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAA-GTGTCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211008179|gb|FL253536.1|FL253536
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211466274|gb|FL273965.1|FL273965
EST:     CATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGGATGT-CGTGAACAG                         GCTGTATGGGCCTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCC-TGAT
genomic: CATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGG-ATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211466276|gb|FL273967.1|FL273967
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCA-CTCCCTCAGCGAAGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGGTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211466277|gb|FL273968.1|FL273968
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCTTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAA                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGGGACTCCCCAAAGTGC-GTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211468797|gb|FL273972.1|FL273972
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAAGATGTTCGTGAACAA                         GCTGTATGGGGCTTTAGGTAATGTTGCCTGG-GACCTCCCCAAAGGGCCGT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGG-CTTTAGGTAATGTTGC-TGGTGAC-TCCCCAAAGTGCCGT
EST: gi|29167750|gb|CB411010.1|CB411010
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAA
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAA
EST: gi|211466272|gb|FL273963.1|FL273963
EST:     ATTCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAACGAAGATGGTCGTGAAACAG                         -CTGTATGGGCCTTAGGTAAATGTTGCTGGTGACTCCCCCAAGTGCCGTG
genomic: AT-CTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAA-CAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAA-TGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTG
EST: gi|18053175|gb|BM318833.1|BM318833
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211466270|gb|FL273961.1|FL273961
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCC
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCC
EST: gi|67023557|gb|CO452306.1|CO452306
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGTCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211468798|gb|FL273973.1|FL273973
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAAGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGGTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211008180|gb|FL253537.1|FL253537
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|78078677|gb|DV507089.1|DV507089
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|6865203|gb|AW360553.1|AW360553
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|18385029|gb|BM418228.1|BM418228
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|22489097|gb|BU049020.1|BU049020
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211331752|gb|FL022649.1|FL022649
EST:     CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 608

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 658

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 705

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 598

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactaaattacaagagttactctctcttctatttgagacttgattggagtgatgcttatattcttttcttttttgttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG