Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccctgtttgcactctgaatgttcagatgagcctacaaagaaagaaccaacaaatgtttatctgctttagaccgaactaggatcaatagcacacagagattctttggaatatctgttctgttgaaatgttgggcgactagttctgactcctgaacaatgttaacctgcatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087192_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087192_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: 13113.m00235 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctcc--ctgtttgcactctgaatgttcagatgagcctacaaagaaagaaccaacaaatgtttatct--gctttagaccgaactaggatcaatagcacacagagattctttggaatat-ctgttctgttgaaatgttgggcgactagttctgactcctgaac--aatgtt-aacctg-catgtag
|| |||||||||||| ||  |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||| | ||  |   || || | |  |  | |||||      |  | |||       |   ||  | |     |  ||    | |  |    | |     | || |||      | || ||  |   | |  | || | |||  | |||  |    ||  || | |   |||||  |  ||   |||||
GATGTGGCTACTTTCTCAACTCCTAGGCGATTAGAGACTGATGAGATCCCTTTTGTCGTGAATGATTACAGGGTTGCTGCTAGAAATGCAATTGAAGCAGgtaaacgccatcctattacatttttcac-tccagatattttgattaggaacattttgaattatcctaaaacaggtattgtgtcaacttttttttatcttgatacggaggagtagtagattaaaccaatatccttaagtcttga-ctactgatggaaacatctaaccttcatgtttgatatgatctgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88757700|gb|DY541841.1|DY541841
EST:     GAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: GAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|33098560|gb|CF058520.1|CF058520
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|76017394|gb|DT944564.1|DT944564
EST:     ATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTGGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: ATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|60397054|gb|DN229873.1|DN229873
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|33098710|gb|CF058670.1|CF058670
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|33099068|gb|CF059028.1|CF059028
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|86474314|gb|DY240684.1|DY240684
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|32828310|gb|CD967988.1|CD967988
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|32844951|gb|CD984632.1|CD984632
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|71766717|gb|DR964654.1|DR964654
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|78110280|gb|DV528695.1|DV528695
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|13382053|gb|BG458728.1|BG458728
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|33099221|gb|CF059181.1|CF059181
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|71769744|gb|DR967681.1|DR967681
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|16927662|gb|BM080731.1|BM080731
EST:     AATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: AATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|71448418|gb|DR829468.1|DR829468
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|31363471|gb|CD447828.1|CD447828
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|32844217|gb|CD983898.1|CD983898
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|32845504|gb|CD985185.1|CD985185
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGGTTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|76017395|gb|DT944565.1|DT944565
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|71431905|gb|DR812955.1|DR812955
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|13382062|gb|BG458737.1|BG458737
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|33099127|gb|CF059087.1|CF059087
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGT
EST: gi|76281886|gb|DV021454.1|DV021454
EST:     TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTG                         GATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGAT
genomic: TTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 33

GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGTTTCTAAAGGACGGGGTCAACGACCGCACAGACAAATACGGTGGCAGTCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1332

GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGTTTCTAAAGGACGGGGTCAACGACCGCACAGACAAATACGGTGGCAGTCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1370

GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGTTTCTAAAGGACGGGGTCAACGACCGCACAGACAAATACGGTGGCAGTCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 218

GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccc ... ctgcatgtagGATTTGATGGTGTCGAAATCCATGGAGCTCACGGTTACCTGATTGATCAGTTTCTAAAGGACGGGGTCAACGACCGCACAGACAAATACGGTGGCAGTCT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACGTGGCTACTTTCGCAGTTCCTAGACGCTTAGAGACTGATGAAATCCCTTTGGTCGTCAATGATTTCAGGGTAGCTGCTCGAAATGCGATTGAAGCTGgtaagctccctgtttgcactctgaatgttcagatgagcctacaaagaaagaaccaacaaatgtttatctgctttagaccgaactaggatcaatagcacacagagattctttggaatatctgttctgttgaaatgttgggcgactagttctgactcctgaacaatgttaacctgcatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG