1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTCTATGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggttactgtctttgtatgtttcaaaattctgttgtttgatgtttcatgaccataatctccttgttgctttattgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G086497_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|149004863|gb|EE039371.2|EE039371
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|40334535|gb|CK368605.1|CK368605
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|16919565|gb|BM074252.1|BM074252
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|93014938|gb|EB640458.1|EB640458
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|211314374|gb|FL453743.1|FL453743
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|149004864|gb|EE039372.2|EE039372
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACCACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTEST: gi|32928610|gb|CF033422.1|CF033422
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACT
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|28982919|gb|BQ538440.2|BQ538440
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|91051590|gb|EB162008.1|EB162008
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGGTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|149101732|gb|EE187869.2|EE187869
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|6865283|gb|AW360633.1|AW360633
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|116814069|gb|EC856569.1|EC856569
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: GAGA-AGGCTG-CTG CAAAA-CAGCATACTACAACTATGTATGTGTGAT-TTGCTACTGAATGGCAEST: gi|37376236|gb|CF624626.1|CF624626
genomic: GAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|78075810|gb|DV504244.1|DV504244
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTEST: gi|149077476|gb|EE166172.2|EE166172
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCT
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|20507678|gb|BQ279726.1|BQ279726
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|211021098|gb|FL442866.1|FL442866
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|211067046|gb|FL326742.1|FL326742
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|149077477|gb|EE166173.2|EE166173
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|71310300|gb|DR791442.1|DR791442
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCAEST: gi|71306891|gb|DR789602.1|DR789602
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTCTATGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggttactgtctttgtatgtttcaaaattctgttgtttgatgtttcatgaccataatctccttgttgctttattgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA