1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TATGTTTATAATCATTTTTGTGCTGGAATGTTTATTTCAAGGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatattgtattgctactca...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G083836_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|8368904|gb|BE051849.1|BE051849
genomic: CTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|7227809|gb|AW566450.1|AW566450
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: AAGCCAAAGGGAGGATCGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|213171245|gb|FM192549.1|FM192549
genomic: AAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|6653859|gb|AW267264.1|AW267264
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|32935917|gb|CF040729.1|CF040729
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|19769665|gb|BQ034386.1|BQ034386
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCCAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|211129628|gb|FL442090.1|FL442090
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|5608055|gb|AI901722.1|AI901722
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATGTTTATAATCATTTTTGTGCTGGAATGTTTATTTCAAGGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatattgtattgctactca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA