Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaaacttctcatacatcaaacctattgctggtaccagtgctccatgagtggggagcaaatgatttggccagtttttgagtcagtggaatatccgtttatttaactgctgattttacctttttatgtttataatcatttttgtgctggaatgtttatttcaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083836_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaaacttctcatacatcaaacctattgctggtaccagtgctccatgagtg-gggagcaaatgatttggcca---gtttttgagtcag-tggaatatccgtttatttaactgctgattttacctttttatgtttataatcatttttgtgctggaatgtttatttcaag
 || ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||  |  ||||  | ||| || || |     || |   ||   ||      | ||   |  |     |    ||  ||    ||||   || || || |||                                                                         
GGTGATTGTTTATAACTATCCCAAAGAAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATCAGAAGACTGTAGCTGCTATGGATGTTCTTGTGCCCAAGgtaaatataaatatttcagacttctagttagtt-ccaatataggttaggtgtaagcatgtaaatgtgttgcatgaacataaattttgaggttaggtgtaat-------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211129628|gb|FL442090.1|FL442090
EST:     GGATGTTCTGGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: GGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|33100320|gb|CF060280.1|CF060280
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGAAAAAAGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|40334584|gb|CK368654.1|CK368654
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|31355350|gb|CD439707.1|CD439707
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|4610072|gb|AI600911.1|AI600911
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32843846|gb|CD983527.1|CD983527
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGCTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32935917|gb|CF040729.1|CF040729
EST:     TTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|19351358|gb|BM895890.1|BM895890
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|61119073|gb|DN560034.1|DN560034
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|17929648|gb|BM266608.1|BM266608
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|78026378|gb|DV494765.1|DV494765
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148938651|gb|EC882983.2|EC882983
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32929972|gb|CF034784.1|CF034784
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGACCGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|213171245|gb|FM192549.1|FM192549
EST:     GGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: GGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32933328|gb|CF038140.1|CF038140
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148983060|gb|EE028970.2|EE028970
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5343238|gb|AI795423.1|AI795423
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|149095952|gb|EE181618.2|EE181618
EST:     TCAATGATGATGCCAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|78544242|gb|DV621740.1|DV621740
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5108415|gb|AI740128.1|AI740128
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|19769665|gb|BQ034386.1|BQ034386
EST:     AATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCCAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: AATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|33100053|gb|CF060013.1|CF060013
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|15209114|gb|BI430998.1|BI430998
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5608055|gb|AI901722.1|AI901722
EST:     CTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: CTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148995953|gb|EE035199.2|EE035199
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|33099622|gb|CF059582.1|CF059582
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148958201|gb|EC904407.2|EC904407
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|19272530|gb|BM888786.1|BM888786
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32857324|gb|CD997005.1|CD997005
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|60340066|gb|DN207039.1|DN207039
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|83279166|gb|DV943174.1|DV943174
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|6403398|gb|AW171873.1|AW171873
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|15082868|gb|BI389552.1|BI389552
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|44901355|gb|CK827900.1|CK827900
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5804583|gb|AI979553.1|AI979553
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG