Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATAGTCATAGGAACTCCTGGTCGTATGAAAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTGgtaagccagttgtgcctttttttgctattcttgttgtctatgaagtgtggtgtgcatggtatatatattctatccagtcacaaatatgcagtgttctgaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G076484_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G076484_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g20580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATATAGTCATAGGAACTCCTGGTCGTATGAAAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTGgtaagccagttgtgccttt--ttttgctattcttgttgtctatgaagtgtggtgtgc----atggtatatatattctatccagtcacaaa--tatgcagtgttctgaa
||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||| |||||||||||  |  | ||| |||  || || | || |   ||  | |||| |    |   |    ||||       ||  |  || | ||| ||  |||| | |        
GATATTGTCATAGGGACACCTGGTCGTATGAAAGACCTTATTGAAATGGGTATTTGTCGTCTTAATGATGTTTCTTTTGTGgtaagttaactatgcatttcattgtgttgttgtctatggttttgaattagtatacacccatatgggggcaccatggtgcccgggcaccaaggtatgtaat--------

upper sequence: GRMZM2G076484_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv02s0109g00380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GATATAGTCATAGGAACTCCTGGTCGTATGAAAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTGgtaagccagttgtgcctttttttgctattcttgttgtctatgaa---gtgtggtgt-gcatggtatatatattctatccagtcacaaatatgcagtgttctgaa
|| || |||||||| |||||||| ||| |||| || || |||||||||||||| || || ||||  ||||| || |||||||||||       |   ||   |     |  ||| |   |||      || |  ||| || |   |||   |     |  | ||  ||||  |||||| ||    
GACATTGTCATAGGTACTCCTGGACGTTTGAAGGATCTAATTGAAATGGGTGTGTGTTGCCTTACAGAGGTATCTTTTGTGgtaagtagaggatcatttgaatcaacctatttgctaattattttcttgtattatgttgctttcaatagtcaacacgttgactctgaaattagcagtgctc----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71428435|gb|DR809485.1|DR809485
EST:     AAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTG                         GTTCTAGATGAAGCAGATAGGATGCTGGATTTGGGTTTTGAAACCTGA-GT
genomic: AAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTGgtaagccagt ... ttttgcatagGTTCTAGATGAAGCAGATAGGATGCTGGATTTGGGTTTTGAA-CCTGAAGT
EST: gi|74244222|gb|DT652136.1|DT652136
EST:     AAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTG                         -----A--TGAAGCAGATAGGATGCTGGATTTGGG
genomic: AAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTGgtaagccagt ... ttttgcatagGTTCTAGATGAAGCAGATAGGATGCTGGATTTGGG
EST: gi|149059470|gb|EE156955.2|EE156955
EST:     AAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTG                         GTTCTAGATGAAGCAGATAGGATGCTGGATTTGGGTTTTGAACCTGAAGTC
genomic: AAGACCTTATTGAAATGGGTGTTTGCTGTCTTAATGAGGTTTCGTTTGTGgtaagccagt ... ttttgcatagGTTCTAGATGAAGCAGATAGGATGCTGGATTTGGGTTTTGAACCTGAAGTC