Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagcttttcagccatctgtttgtgttttatagtaatggctgactgcattcagtttctttttatcagttagagtgttgtttaagtgtatgtgcttcaag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074373_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074373_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os12g13170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
---GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagcttttcagccatctgtttgtgttttatagtaatggctgactgcattcagtttctttttatcagttagagtgttgtttaagtgtatgtgcttcaag------
   | |||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    || | |||||   |   | |||   | ||       | |       | ||||   ||    | |  | |  |      |   |||        
CAGGGATATCCTCCAATTCCACCACATGGCTTCTTTCCATCACCTGTGGCGTCAAGCCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgttaggttt----ccttttgtttaaata--acagtggggactactcctgtactccccactgttattttttcctttttcatgttggaaatgatctctcagaatgtct

upper sequence: GRMZM2G074373_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagcttttcagccatctgtttgtgttttatagtaatggctgactgcattcagtttctttttatcagttagagtgttgtttaagtgtatgtgcttcaag------
| |||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    || | |||||   |   | |||   | ||       | |       | ||||   ||    | |  | |  |      |   |||        
GGATATCCTCCAATTCCACCACATGGCTTCTTTCCATCACCTGTGGCGTCAAGCCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgttaggttt----ccttttgtttaaata--acagtggggactactcctgtactccccactgttattttttcctttttcatgttggaaatgatctctcagaatgtct
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93013445|gb|EB638965.1|EB638965
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|211035651|gb|FK982762.1|FK982762
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|8367371|gb|BE050316.1|BE050316
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATG
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATG
EST: gi|71318161|gb|DR795843.1|DR795843
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|78090597|gb|DV518971.1|DV518971
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|148976204|gb|EE025907.2|EE025907
EST:     -CCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGG
genomic: ACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCC-TTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCC-TATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGG
EST: gi|148963993|gb|EE015131.2|EE015131
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|148930175|gb|EC872560.2|EC872560
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|71439024|gb|DR820074.1|DR820074
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
EST: gi|71426949|gb|DR807999.1|DR807999
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAG                         CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 87

GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 87

GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 129

GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 71

GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagctttt ... tttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATATCCTCCAATCCCACCACATGGGTTCTTCCCCTCACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTACATGTGGGGAGCTCAGgtaagcttttcagccatctgtttgtgttttatagtaatggctgactgcattcagtttctttttatcagttagagtgttgtttaagtgtatgtgcttcaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA