Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGAGTGTGAAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttttgtcacccaatttgtcgattttatttgcctttattactttgatttctaatttctttagactgaatccatgtgatgttttgagtaataaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G073077_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G073077_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
-----------------------TTGAGTGTGAAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttttgtcacccaatttgtcgattttatttgcctttatt--actttgatttctaatttctttagactgaatccatgtgatgttttgagtaataaaa
                        ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | || || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||  |    || |      ||  || | ||  | | ||||  | | |    | | ||||   |  ||  |||     |     |   | || |    
ACATCTATGAGCATGCAGTTGTTCTGAGTGTGAAAATTGAAGACCAAGATGCATTTGAAAGGGACTTTTGTCAACTCAAACCTTATTACATGGATACATGgttagttcctgtctacacttcacatcagttctgttaccgtatattcaattgtaggctgtcattttgatgcacgtaattttcttttatctaccattagttt--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211149119|gb|FL417450.1|FL417450
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211466169|gb|FL380588.1|FL380588
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211180868|gb|FL091536.1|FL091536
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTRAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|56382240|gb|CV984909.1|CV984909
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|76013187|gb|DT940357.1|DT940357
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|50327367|gb|CO522493.1|CO522493
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211221445|gb|FL389599.1|FL389599
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|5555446|gb|AI881397.1|AI881397
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211521193|gb|FL395748.1|FL395748
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGCCAGCTCAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211045344|gb|FL397284.1|FL397284
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211123288|gb|FL412657.1|FL412657
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGCCAGCTCAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211403085|gb|FL391554.1|FL391554
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|23357704|gb|BU645353.1|BU645353
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211368876|gb|FL402356.1|FL402356
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|76013186|gb|DT940356.1|DT940356
EST:     AAC-TGAGGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211290626|gb|FL412730.1|FL412730
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|21987255|gb|BQ778783.1|BQ778783
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|71428537|gb|DR809587.1|DR809587
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|9255128|gb|BE345596.1|BE345596
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211160049|gb|FL415236.1|FL415236
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|32910449|gb|CF015261.1|CF015261
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|32910399|gb|CF015211.1|CF015211
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211257382|gb|FL426637.1|FL426637
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|60343651|gb|DN210624.1|DN210624
EST:     GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG                         TGGCATAATTCCCCCCTCACCAGAGGAGTACCCAATTTTGGGACTCAATCT
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagTGGCATAATTCCCCCCTCACCAGAGGAGTACCCAATTTTGGGACTCAATCT
EST: gi|211204476|gb|FL397886.1|FL397886
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211202662|gb|FL427928.1|FL427928
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211244803|gb|FL372839.1|FL372839
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211343978|gb|FL410639.1|FL410639
EST:     AAAMTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211488047|gb|FL401996.1|FL401996
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|19057828|gb|BM736495.1|BM736495
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211071747|gb|FL413442.1|FL413442
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211259601|gb|FL417871.1|FL417871
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|74240003|gb|DT647917.1|DT647917
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211196531|gb|FL380888.1|FL380888
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGCCAGCTCAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|60358231|gb|DN225204.1|DN225204
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|56382239|gb|CV984908.1|CV984908
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211238673|gb|FL405238.1|FL405238
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211144477|gb|FL393223.1|FL393223
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|120480690|gb|EH210959.1|EH210959
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211207035|gb|FL397427.1|FL397427
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|211273315|gb|FL388187.1|FL388187
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|71331372|gb|DR802521.1|DR802521
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT
EST: gi|148947219|gb|EC892573.2|EC892573
EST:     AAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATG        
genomic: GCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttt ... atttatgcagT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGAGTGTGAAACTTGAGGACCAAGATGCATTTGAACGTGATTTCTGTCAGCTAAAGCCTTATTACATGGATACATGgttagttttttgtcacccaatttgtcgattttatttgcctttattactttgatttctaatttctttagactgaatccatgtgatgttttgagtaataaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA