1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G069765_T04 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACEST: gi|6021027|gb|AW065955.1|AW065955
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTAC
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTEST: gi|211229393|gb|FL136781.1|FL136781
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACGGGATGAAGAAAGTTGGTGATGGCACEST: gi|211231449|gb|FL136785.1|FL136785
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAA-GTTGGTGATGGCAC
EST: TGGTAATGGCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCAC-CCCTGCTGGCCA-G TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAAGT-GNTGATGGCAEST: gi|211231451|gb|FL136787.1|FL136787
genomic: TGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTG-CCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAA-GTTGGTGATGGCA
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAANGAAAGT-GGTGATGGCAEST: gi|211231448|gb|FL136784.1|FL136784
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAA-GAA-GTTGGTGATGGCA
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACGGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTEST: gi|211229392|gb|FL136780.1|FL136780
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAAAAGTTEST: gi|32865501|gb|CF005183.1|CF005183
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTT
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTEST: gi|149082543|gb|EE171738.2|EE171738
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACGGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC