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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctactcgtagaccttctgtgacgaaccttgtaaagtcgagggtatctgatgccttatctgctgttcttttggccaatgctagcaaatagtgtcaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064023_T03
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctactcg-tagaccttctg-----tgacg-aaccttgtaaagtcgagggtatctgatgccttatctgctgttctt-ttggccaatgctagcaaatagtgtcaa
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GATCTCAAGTCCCAGCTGCAGGAATTGATTCCTGAACAACAGgtttgttactttctagcacgtctaataattcacacaaagttggaaagtatatggcatccagttctttatctaccctttttgctttactgctttagcctgt--------

upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgt-----ttgctactcg-tagaccttctg------tgacgaaccttgtaaagtcgagggtatctgatgccttatctgctgttcttttggccaatgctagcaaatagtgtcaa
||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||     ||| |||||| |||  | |||        ||| ||  ||| || ||    || |||  || ||||||||  |  | |||| ||    ||    ||          
GATCTTAAGTCCCAGCTGCAGGAATTGATTCCCGAGCAACAGgtatgttttgttactcgctagcacatctaataattcgacaaag-ttgaaatgtttctggcatccaattccttatct-ttactttttttgctttagcctataa----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211269895|gb|FL099815.1|FL099815
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211399063|gb|FL099822.1|FL099822
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|8103179|gb|AW927835.1|AW927835
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269896|gb|FL099816.1|FL099816
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|76287895|gb|DV027463.1|DV027463
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149082725|gb|EE171943.2|EE171943
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269899|gb|FL099819.1|FL099819
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269892|gb|FL099812.1|FL099812
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|71450120|gb|DR831170.1|DR831170
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269897|gb|FL099817.1|FL099817
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269890|gb|FL099810.1|FL099810
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211399064|gb|FL099823.1|FL099823
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|213174510|gb|FM184748.1|FM184748
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211399065|gb|FL099824.1|FL099824
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269891|gb|FL099811.1|FL099811
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269894|gb|FL099814.1|FL099814
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269901|gb|FL099821.1|FL099821
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|148967125|gb|EE018300.2|EE018300
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269889|gb|FL099809.1|FL099809
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269900|gb|FL099820.1|FL099820
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269898|gb|FL099818.1|FL099818
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149077813|gb|EE166538.2|EE166538
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GACCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|211269893|gb|FL099813.1|FL099813
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
EST: gi|149090362|gb|EE179668.2|EE179668
EST:     GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG                         GATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC
genomic: GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAGgtttgctact ... cttgttacagGATCGCCTAAAGAAGCTTAAATCAGAGCATGGGAAGGTTCAGCTTGGAAAC