Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACGTTGAGCAGTGGATGGACTTTGCTGCAACAGAAGTTGATCCTGGTGTTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgtaggctgggaaacttggtttttgtattattgaacataactagctatatattaactcgttttatgtgtgtgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G059580_T03
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33104355|gb|CF064315.1|CF064315
EST:     ACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31350377|gb|CD434734.1|CD434734
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31356573|gb|CD440930.1|CD440930
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|19822159|gb|BQ048183.1|BQ048183
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|33093724|gb|CF053718.1|CF053718
EST:     TCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31358797|gb|CD443154.1|CD443154
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|40337134|gb|CK371204.1|CK371204
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32838480|gb|CD978158.1|CD978158
EST:     ACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32942442|gb|CF047261.1|CF047261
EST:     ACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32848876|gb|CD988557.1|CD988557
EST:     TACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31356567|gb|CD440924.1|CD440924
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|150037283|gb|DY843506.1|DY843506
EST:     ACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|22935604|gb|BU571879.1|BU571879
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31351288|gb|CD435645.1|CD435645
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32856180|gb|CD995861.1|CD995861
EST:     GTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: GTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|26455900|gb|CA827483.1|CA827483
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|14204257|gb|BG837934.1|BG837934
EST:     TTGGATGGTA-YTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGAYCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|67012465|gb|CO441214.1|CO441214
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC