1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
GGTGGATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctctgggctctggccatgtttatgttcaaatgcttatgaaaaaactttgttactggatttcctaatctcgatcattttttctcaactacctaatacctgtgttggttgtgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G059151_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211458486|gb|FL255599.1|FL255599
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACTAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGGCCA-CAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTEST: gi|149083748|gb|EE173108.2|EE173108
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGG-CCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGEST: gi|148953762|gb|EC899129.2|EC899129
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTG
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211458479|gb|FL255592.1|FL255592
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211458477|gb|FL255590.1|FL255590
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACNGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|5268364|gb|AI770328.1|AI770328
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACCAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGEST: gi|211462254|gb|FL324872.1|FL324872
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTG
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211179440|gb|FL364368.1|FL364368
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGNTEST: gi|211540563|gb|FL329390.1|FL329390
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|149083929|gb|EE173306.2|EE173306
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211187935|gb|FL314087.1|FL314087
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGAEST: gi|211458484|gb|FL255597.1|FL255597
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGA
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTNGGATGGACTTGTEST: gi|211336170|gb|FL255578.1|FL255578
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTT-GGATGGACTTGT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACGGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211458364|gb|FL364597.1|FL364597
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|149103124|gb|EE288493.2|EE288493
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|20803238|gb|BQ294288.1|BQ294288
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTEST: gi|31354738|gb|CD439095.1|CD439095
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|211334009|gb|FL255568.1|FL255568
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCCACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTTEST: gi|149105648|gb|EE291200.2|EE291200
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
EST: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAG TTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
genomic: GATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctct ... ggttgtgcagTTTAAGCAAGCTGAAGACACGGCCAACAAGCTTGATTTGGATGGACTTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGGATTTGATATGATCTGCAGTGGAAGGGACAAGATTGAAACACCGGAGCAGgtatgtctctgggctctggccatgtttatgttcaaatgcttatgaaaaaactttgttactggatttcctaatctcgatcattttttctcaactacctaatacctgtgttggttgtgcag
- - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG