Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcacagctatcctctgttttttatgttgtcaaacggtatgtatccttgtaaagcgcatggtcactcctaatagcaggaggtctttgtgttagcc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G053019_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71775343|gb|DR973221.1|DR973221
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148962609|gb|EE013495.2|EE013495
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148967401|gb|EE018626.2|EE018626
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148986910|gb|EE030719.2|EE030719
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|71440817|gb|DR821867.1|DR821867
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|211172020|gb|FK988437.1|FK988437
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACC
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACC
EST: gi|32799699|gb|CD951935.1|CD951935
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTA
EST: gi|78108045|gb|DV526463.1|DV526463
EST:     TAC-ACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: -ACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148941186|gb|EC886070.2|EC886070
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|71440311|gb|DR821361.1|DR821361
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148972016|gb|EE022842.2|EE022842
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|211172010|gb|FK988427.1|FK988427
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|76019253|gb|DT946423.1|DT946423
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|76292083|gb|DV031651.1|DV031651
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|74235753|gb|DT643667.1|DT643667
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|78085071|gb|DV513464.1|DV513464
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148940610|gb|EC885417.2|EC885417
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|211173687|gb|FK988440.1|FK988440
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|211173691|gb|FK988444.1|FK988444
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|211172016|gb|FK988433.1|FK988433
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|148932254|gb|EC875785.2|EC875785
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|149080112|gb|EE169131.2|EE169131
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
EST: gi|76020426|gb|DT947596.1|DT947596
EST:     TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAG                         AAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA
genomic: TACCACGGTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 18 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 83

GTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCAAACTCATTTGGCTCCAACTCGCCTTTCCCATTTGGCATGCCACCACAGG


Block sizes: 18 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 196

GTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCAAACTCATTTGGCTCCAACTCGCCTTTCCCATTTGGCATGCCACCACAGG


Block sizes: 18 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 83

GTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCAAACTCATTTGGCTCCAACTCGCCTTTCCCATTTGGCATGCCACCACAGG


Block sizes: 18 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 176

GTTTCTTCCATGCTAAAGgtgagctcac ... tctgttgcagAAATATGCCATGGAACAAGCATTTAAGTCAATGATGACCCAAGCACCACCAAACTCATTTGGCTCCAACTCGCCTTTCCCATTTGGCATGCCACCACAGG