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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttactacgttaatatgttttctttgtctctttacacaacaatattgctacataagttagcctgattctactgaaggggtccatgaattaatattat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G049811_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G049811_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g29180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttactacgttaatatgttttctttgtctctttacacaacaatattgctacataagttagcctgattctactgaaggggtccatgaattaatattat---
|||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | || || || ||||| || || ||||| |||||  |||| |||||  |  |   |   || | || |      |  | || |  |  || || |    | || | || | |||        | |||||||| || ||| ||   
GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATCATTGTGAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATACCCAGGCGGTTGCAGACGCTTGCTCTAGTGGTCAAGTTGCAGgtacc-atcatcctttcatttcttatagcctacactgcatactagcat-gccatcagatttggtctaaatctttctttttgatccatgaagta-tatcatttt

upper sequence: GRMZM2G049811_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0066g01320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtact--tactacgttaatatgttttctttgtctctttacacaa--caatattgctacataagttagcctgattctactgaaggggtccatgaattaatattat---------
|||||| |||| || || ||  |  |||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| || || |||||||| || || || || ||||| |||| |  | |  |  |  |  ||||  |   | |   ||       |||| || ||   || |      |||    |   || |  | |||   ||||| || |         
GCAAAGTTGAAAAAGGGAGTTCTAATTGTTAACAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATACACAAGCTGTTGCCGATGCATGCTCCAGTGGGCATATTGCAGgtaatgtttcagcacttttgagtttcttggatttgagtatgttgttcaatgtttctttttatgcagttttga---aagccaatgacttcatt--ttaattttctgattttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9742862|gb|BE519010.1|BE519010
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|67016279|gb|CO445028.1|CO445028
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|78025682|gb|DV494069.1|DV494069
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|193502113|gb|AM937924.1|AM937924
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|211347565|gb|FL462325.1|FL462325
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
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EST: gi|211273135|gb|FL031458.1|FL031458
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EST: gi|7216776|gb|AW562898.1|AW562898
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EST: gi|60344797|gb|DN211770.1|DN211770
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EST: gi|60346732|gb|DN213705.1|DN213705
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EST: gi|78543856|gb|DV621354.1|DV621354
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EST: gi|32844007|gb|CD983688.1|CD983688
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EST: gi|9952240|gb|BE638823.1|BE638823
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EST: gi|60338901|gb|DN205874.1|DN205874
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
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EST: gi|14244609|gb|BG842547.2|BG842547
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
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EST: gi|32863792|gb|CF003474.1|CF003474
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genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|29544962|gb|CB605140.1|CB605140
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|24764385|gb|CA399550.1|CA399550
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|14244598|gb|BG842536.2|BG842536
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|31361916|gb|CD446273.1|CD446273
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|84969946|gb|DW468339.1|DW468339
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|20802331|gb|BQ293381.1|BQ293381
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|60351068|gb|DN218041.1|DN218041
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|32849315|gb|CD988996.1|CD988996
EST:     ATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: ATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTT-CTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|87156832|gb|DY401621.1|DY401621
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|4967219|gb|AI692105.1|AI692105
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|31359127|gb|CD443484.1|CD443484
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|5468879|gb|AI834670.1|AI834670
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|60352560|gb|DN219533.1|DN219533
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|14204312|gb|BG837989.1|BG837989
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|30705800|gb|CD058924.1|CD058924
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|4886219|gb|AI677339.1|AI677339
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCCCATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCCCAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|149098747|gb|EE184759.2|EE184759
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|21331384|gb|BQ486765.1|BQ486765
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|5055891|gb|AI734778.1|AI734778
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTTTAACGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|149100378|gb|EE186449.2|EE186449
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|24769726|gb|CA404855.1|CA404855
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|27521958|gb|CA989064.1|CA989064
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCCCAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|24763748|gb|CA398919.1|CA398919
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|24769660|gb|CA404789.1|CA404789
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|24773911|gb|CA409165.1|CA409165
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
EST: gi|7227669|gb|AW566310.1|AW566310
EST:     CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTG                         GATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT
genomic: CATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 782

GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 453

GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 485

GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 610

GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttacta ... catttcccagGATACGGTGGTGATGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTAC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GCAAAGATGAAGAAAGGTGTAATTGTTGTAAATAATGCTCGAGGAGCAATCATGGATGCTCAAGCAGTCGCAGATGCATGTTCTAGCGGTCACATTGCTGgtacttactacgttaatatgttttctttgtctctttacacaacaatattgctacataagttagcctgattctactgaaggggtccatgaattaatattat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
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