Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaatacaggcaccttagattgaatacaagcaaggatgcttgttgtgcaaattacatttgtctttttctattactttttttttgtcttttgttcca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G047404_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G047404_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g12600.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaatacaggcacctt------------------agattg--aatacaa-gcaaggatgcttgttgtgcaaattacatttgtctttttctattactttttttttgtcttttgttcca----
 ||||||| || |  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || |||||||||||    ||| ||  | ||                   | | ||  |||| ||   |||  ||||  | |   |  | |||   ||  | |    ||  ||  | | |   || | |   |    
ATGCCTACTCCTTTTGTTGTATTGTCTCTTGTTCCAATTGTTGGTGGTGTGGCATTGGCATCTCTTACTGAAGCTTCATTTAACTGgtaagggatatagctagctatttttgtcttcgctgtggaaactgcaaatataacataagcctgctgatagcagagctaacaaa-gtgctatatgcttgattcgtctgtaatttatatgatatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211421923|gb|FL203903.1|FL203903
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCTTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|37395421|gb|CF634991.1|CF634991
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|8103136|gb|AW927794.1|AW927794
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|37376326|gb|CF624676.1|CF624676
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAA
EST: gi|40336776|gb|CK370846.1|CK370846
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|60395055|gb|DN227924.1|DN227924
EST:     TGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: TGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|116814527|gb|EC857099.1|EC857099
EST:     CTTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|67026165|gb|CO454914.1|CO454914
EST:     GTAGCTTTGGC-TCAATTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTTAAATCTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: GTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|166559836|gb|EG099568.1|EG099568
EST:     TTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: TTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|148990723|gb|EE032129.2|EE032129
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|50325876|gb|CO521002.1|CO521002
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|211071461|gb|FL174369.1|FL174369
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|23199513|gb|BU582078.1|BU582078
EST:     A-TGTTGGTGG-GTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|76281901|gb|DV021469.1|DV021469
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|7844570|gb|AW787792.1|AW787792
EST:     ATTGTTGGTGG-GTAGC-TTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|88753541|gb|DY537682.1|DY537682
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|12046824|gb|BF728963.1|BF728963
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|76281902|gb|DV021470.1|DV021470
EST:     ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: gi|6973548|gb|AW438284.1|AW438284
EST:     ATTGNTGGNGGCGTAACTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTG                         GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 541

TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAATGTGCTAAGCAAGAAACTTATGGTGAAGAAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 275

TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAATGTGCTAAGCAAGAAACTTATGGTGAAGAAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 357

TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAATGTGCTAAGCAAGAAACTTATGGTGAAGAAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 868

TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaata ... ttcaacacagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATGTAACCTTCCAGTCAAGGAATGTGCTAAGCAAGAAACTTATGGTGAAGAAAGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGCCTACGCCATGGGTTGTGTTGTCTCTTCTTCCGATTGTTGGTGGTGTAGCTTTGGCATCCCTTACTGAGGCCTCCTTTAACTGgtatacaatacaggcaccttagattgaatacaagcaaggatgcttgttgtgcaaattacatttgtctttttctattactttttttttgtcttttgttcca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG