Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgtttataagcaccatgtcatagtcatcagtagcagttatgaactcagtgactgatatttgttgaagtgttaggctgactccagcagttcaccca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044237_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044237_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g17120.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgtttataagcaccatgtcatagtcatcagtagcagttatgaactcagtgactgatatttgttgaagtgttaggctgactccagcagttcaccca--
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |  ||| | ||     |    |   | ||  || | ||    ||     |   | | | || ||  || |    |  | || | |    
GCTCGAGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCAGCAACAgtaagtgtttctgacaaccgtatccgttccgctggct-ctgtactgtattcgaaaac-accgtggctagtattgatatacttatctaaataatttatctcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71298836|gb|DR785405.1|DR785405
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|74242073|gb|DT649987.1|DT649987
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|149095151|gb|EE180766.2|EE180766
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|148956344|gb|EC902151.2|EC902151
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|148938791|gb|EC883128.2|EC883128
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|78092275|gb|DV520649.1|DV520649
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|149009106|gb|EE041258.2|EE041258
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|148932140|gb|EC875563.2|EC875563
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|28873422|gb|CB329414.1|CB329414
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|149071265|gb|EE159660.2|EE159660
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|71446471|gb|DR827521.1|DR827521
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|148930889|gb|EC873334.2|EC873334
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|148972816|gb|EE023801.2|EE023801
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|149110343|gb|EE190365.2|EE190365
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
EST: gi|60348874|gb|DN215847.1|DN215847
EST:     GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACT                         GGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG
genomic: GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 303

GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 474

GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 347

GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 150

GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgttt ... tgcctatcagGGTGATCTTGGCTATCAGGATGCAGTGGATAGTGCAGATGCTGTTGCCAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTCGTGCTGTGTTAATTAATGCTGGACAAGCAAATGCTGCAACTgtaagtgtttataagcaccatgtcatagtcatcagtagcagttatgaactcagtgactgatatttgttgaagtgttaggctgactccagcagttcaccca

- - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC