1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CAACACAGGTGACTCAGCGGGTGTAGGTGGCGGTGCTGTTACATCACTAATTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattcttgtgctcgatatgaaactcgtcggtttattcaagttatcgtccgcgtttcatattggtagctgtttgcgttgttctgtgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G035928_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|91048638|gb|EB159056.1|EB159056
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|47962618|gb|CN845327.1|CN845327
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|91875164|gb|EB405121.1|EB405121
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTTTTACTGGAGGGAGCCTTTTTGTTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGGGAGCCATTTGATGTTTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|71759837|gb|DR957774.1|DR957774
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTTTATGGGAAGCCCTTCEST: gi|93016581|gb|EB642101.1|EB642101
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGTTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTTTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|211123433|gb|FL433083.1|FL433083
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAG GAGCCMCAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTRATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|94478480|gb|EB707438.1|EB707438
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTAAAATGTTTTTTATTGGAGGGAGCCTTTTTGTTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|148976593|gb|EE025939.2|EE025939
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|50337462|gb|CO532588.1|CO532588
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|91055205|gb|EB165623.1|EB165623
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTTTGTTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTTTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|78079402|gb|DV507814.1|DV507814
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|78082242|gb|DV510654.1|DV510654
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTTTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|76911371|gb|DV164249.1|DV164249
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|89246802|gb|DY618589.1|DY618589
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGTTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTTTATGCGAAGCCCTTCEST: gi|91049155|gb|EB159573.1|EB159573
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
EST: TTACAATGCTTTTTACTGGAGGGAGCCTTTTTGCTGGTGGTTTGAGACAG GAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTTTATGCGAAGCCCTTC
genomic: TTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattctt ... ttctgtgcagGAGCCACAACTGACGGCGTGCGAGCCATTTGATGTCTATGCGAAGCCCTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAACACAGGTGACTCAGCGGGTGTAGGTGGCGGTGCTGTTACATCACTAATTACAATGCTTCTTACTGGAGGGAGCCTTTCTGCTGGTGGTCTGAGACAGgtaaattcttgtgctcgatatgaaactcgtcggtttattcaagttatcgtccgcgtttcatattggtagctgtttgcgttgttctgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG