1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CTCTACCCAGTAACGTCATCTTATGGCATGCCTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAAgtatgttatactgtttcctcttctaatatatgtttatcatcaagtatctaaacatctaatggtaccatcacattgctaatcttgctctcaatgccccaaa...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G031461_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAA GCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTTEST: gi|78112940|gb|DV531334.1|DV531334
genomic: CTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAAgtatgttata ... tttacgacagGCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTT
EST: CTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAA GCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTTEST: gi|78112939|gb|DV531333.1|DV531333
genomic: CTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAAgtatgttata ... tttacgacagGCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTT
EST: TTACTTTGGTATAAAA GCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTTEST: gi|40335290|gb|CK369360.1|CK369360
genomic: TTACTTTGGTATAAAAgtatgttata ... tttacgacagGCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTT
EST: CTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAA GCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTT
genomic: CTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAAgtatgttata ... tttacgacagGCTTATGGAGTTCATATGAATGGGTATGTTGAGAAGGATGGTCAGAAATTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTCTACCCAGTAACGTCATCTTATGGCATGCCTGTGTACTTCTCTCTGGAACGTGCTGCTGCTCCTTACTTTGGTATAAAAgtatgttatactgtttcctcttctaatatatgtttatcatcaagtatctaaacatctaatggtaccatcacattgctaatcttgctctcaatgccccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT