1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CTTGTCACACTCTCTTTATTGCCTCACTTCATAGCCTTCTTCAGTGATATCGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcattacagttatataaaaaaatggtatgtatgattcttcagataccaactaaattgttctttcttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G027307_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGATCCCAGGAGGGGGCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|26455295|gb|CA826878.1|CA826878
genomic: GAGATCCCAGGA-AGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|149110923|gb|EE294421.2|EE294421
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|148933152|gb|EC876791.2|EC876791
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|89106782|gb|DY576999.1|DY576999
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|32797603|gb|CD949839.1|CD949839
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: GATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|61119340|gb|DN560301.1|DN560301
genomic: GATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|21390493|gb|BQ528542.1|BQ528542
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|89106688|gb|DY576905.1|DY576905
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATAEST: gi|149072485|gb|EE160763.2|EE160763
genomic: CGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
EST: AGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTG TGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
genomic: AGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcat ... tttcttgcagTGTTGAATCTGGCCTTTTCCTTGAGCGTTTTTGGTTTTATGATTATGCATA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTGTCACACTCTCTTTATTGCCTCACTTCATAGCCTTCTTCAGTGATATCGAGATCCCAGGAAGTCCTGCAGCACTTGCAACCACATTTCTCACCTTTGgtaattgcattacagttatataaaaaaatggtatgtatgattcttcagataccaactaaattgttctttcttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG