Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAGgtagatgattgtgatgattgtaccttcatacaattatgaaacttagttgatacacttggtaggacaaattatgtccagtatatgcaagattaattgttaagatggacatctattttttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011575_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|91048056|gb|EB158474.1|EB158474
EST:     TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAG                         GTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
genomic: TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAGgtagatgatt ... tattttttagGTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
EST: gi|71307834|gb|DR790138.1|DR790138
EST:     TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAG                         GTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
genomic: TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAGgtagatgatt ... tattttttagGTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
EST: gi|29167999|gb|CB411259.1|CB411259
EST:     TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCCGATTATGCATCTCAG                         GTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
genomic: TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAGgtagatgatt ... tattttttagGTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
EST: gi|31358140|gb|CD442497.1|CD442497
EST:     TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAG                         GTCTTTTTGCCAAGAGAACAACTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
genomic: TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAGgtagatgatt ... tattttttagGTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
EST: gi|148933022|gb|EE285909.2|EE285909
EST:     TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAG                         GTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA
genomic: TAAAGCAGTCTGCTGTCGCTTACTTGAACGGATCTGATTATGCATCTCAGgtagatgatt ... tattttttagGTCTTTTTGCCAAGAGAACAGCTTGAGAAACAATGTTCCTATGATGCTGCA